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[博士论文] 窦锦壮
遗传学 中国海洋大学 2015(学位年度)
摘要:非模式生物的遗传资源相对匮乏,在这些物种中开展基因组范围内的遗传学研究仍然非常困难。简化基因组技术可以视为非模式生物的遗传学研究的有利工具。该技术主要是通过降低基因组的复杂度来降低测序成本,被广泛的应用于遗传图谱构建、数量性状定位、群体遗传学分析、系统进化分析和辅助基因组组装研究中。
  1、“桥接法”辅助基因组组装策略
  本研究提出了一种“桥接法”基因组组装策略:首先将2b-RAD分型技术引入传统的Happy实验构建高密度的2b-RAD图谱,借助该图谱可以对已有的Contigs序列进行进一步的升级。为了实现这一想法,我们不仅优化了传统的Happy实验,同时还还提出了结合随机抽样技术的层次组装算法。模拟数据显示该组装算法能够将拟南芥全基因组的35,618个BsaⅪ标签组装成40个Contigs,校正后的N50大小为4.1Mb(克隆长度为40kb,样本量为100);将人类1号染色体95,139个BsaⅪ标签组装成16个Contigs,校正后的N50大小为14.4Mb(克隆长度为40kb,样本量为100)。实际数据分析显示层次组装算法可以将拟南芥基因组内34,753个BsaⅪ标签组装成554个群,校正后的N50大小为224kb。在连接Contig方面,原始N50大小为54.1kb的Contig通过该软件其N50可以提升到815kb,N50大小为183.4kb的Contig可以提升到1.03Mb,N50大小为552.7kb的Contig可以提升到3.7Mb,而且Contig之间连接的准确率在98.1%~98.5之间。该低成本的辅助基因组组装方案将在海洋生物复杂基因组组装项目应用中发挥重要作用。
  2、无参照基因组分型算法开发和应用
  当前简化基因组技术的标记分型软件存在的缺点是:1)仿照有参照基因组的分型方法,无法排除基因组中重复序列对de novo分型造成的干扰;2)忽略了对显性标记的分型。本研究提出了一种混合泊松(正态)分布模型对来自重复序列区域的序列进行概率识别,并将该模型加入到已有的标记分型软件中形成新的分型算法iML。通过拟南芥和水稻基因组模拟数据分析表明iML方法比传统的ML算法假阳性率低12%~23%。通过拟南芥2b-RAD数据和三刺鱼的RAD-seq数据的验证表明iML方法比ML分型算法假阳性率低7%~17%(测序读长为30bp)。此外本研究开发了RADtyping软件,其不但整合了iML共显性标记分型算法,同时给出了处理显性标记的统计公式。通过拟南芥拟测交F1群体模拟数据显示当亲本和子代的平均测序深度为20x时,两类型标记的分型准确率可达98%。通过实际的两套重复文库分型结果发现,共显性标记的分型一致性达96%。通过Sanger法验证显示共显性标记的分型准确率为96%,显性标记的准确率为97%,这充分说明了RADtyping在标记分型上具有较高的准确率。
  3、2b-RAD技术在全基因组选择中的应用评估
  全基因组选择技术实施的重要条件之一是要有大量的基因组范围内的遗传标记。2b-RAD技术虽然在分型成本上具有明显的优势,其提供的标记密度是否满足水生生物全基因组选择育种需求仍然是未知的。本研究根据虾夷扇贝的基因组特征(包括基因组大小、杂合率、BsaⅪ酶切位点分布等)模拟了虾夷扇贝的育种群体。考察了三种不同标记密度:HD-SNPs(芯片密度),MD-SNPs(所有BsaⅪ酶切位点),LD-SNPs(带有选择性碱基的BsaⅪ位点)对全基因组选择育种值估计准确率的影响。分析表明在不同的遗传背景下MD-SNPs比HD-SNPs准确率略低(<3%)。在遗传力在0.3~0.5左右时LD-SNPs在育种值准确率估计上和MD-SNPs相当,但是标记的分型成本仅为后者十分之一。随后利用来源于3个家系的349个虾夷扇贝育种群体,对壳高、壳长和壳宽三种性状进行全基因组选择评估。家系间的育种值估计准确率在0.15~0.3之间,家系内的育种估计准确率在0.23~0.36之间。上述分析表明2b-RAD技术是水生生物全基因组选择项目中标记分型的平台首先。
[博士论文] 文佳
作物遗传育种 南京农业大学 2014(学位年度)
摘要:动植物大多数重要性状都是数量性状,阐明其遗传基础对动植物新品种培育和人类复杂疾病防治具有重要意义。
  在动植物数量性状的遗传解析过程中,经常会遇到三种现象:一是在数量性状基因座(quantitative trait locus,QTL)及其相互作用的检测中,分子标记会偏离假定满足的孟德尔分离比例,这称为偏分离现象。这种现象会影响连锁遗传图构建和QTL定位的准确性;二是杂种优势对世界农业生产贡献较大,但是杂种优势遗传基础的剖析还存在一些问题,例如,农业生产利用杂种F1的杂种优势,但是其遗传剖析时未见利用杂种F1群体而是F2和双单倍体(double haploid,DH)等分离群体,并且在数量性状观测值、中亲优势、一般配合力和特殊配合力等指标中用哪种指标剖析杂种优势的遗传基础也不明确;三是在数量性状基因的分子标记、表达量和表型观测值的顺序链中,传统方法是将表型与基因标记相结合的QTL定位,近年来的方法是将基因表达量与基因标记相结合的eQTL(expression QTL)定位,迄今为止很少有表型与基因表达量+分子标记×基因互作相结合的分析方法。实际上,这种分析方法更有利于发掘数量性状功能基因和调控基因。本研究就是探索上述三个科学问题。
  针对上述三个问题,本研究从三个方面进行探索。首先,计算度量偏分离程度的选择系数和显性度两个参数,将其估计值用于QTL基因型条件概率矫正,以实施QTL区间作图和多QTL检测。利用Monte Carlo模拟数据和实际数据,在未考虑偏分离和考虑偏分离两种情况下,研究标记偏分离对QTL检测的影响。其次,在NCII遗传交配设计部分杂种F1及其亲本群体中,利用数量性状表型观测值、一般配合力、特殊配合力和中亲杂种优势四个指标,通过EBLASSO参数估计方法,分别剖析杂种优势的遗传基础,其结果为实际数据杂种优势遗传剖析提供理论依据。最后,在数量性状遗传剖析中,探索其表型观测值与基因表达量+标记基因型×基因表达量互作遗传模型的可行性,特别是基因数和标记数都是海量的情形,通过Monte Carlo模拟研究和实际数据资料分析,验证新方法的可行性,为寻找功能和调控基因提供新方法。主要研究结果如下:
  (1)在Monte Carlo模拟研究中,采用未考虑偏分离和考虑偏分离的QTL区间作图方法研究标记偏分离对QTL定位的影响。结果表明:两种方法的QTL检测功效、位置和显性效应估计值差异不显著,但是QTL加性效应估计值差异显著。对于QTL检测功效,SDL显性模型比SDL加性-显性模型的高。在大豆干豆乳性状实际数据分析中,采用考虑和未考虑偏分离的多QTL定位方法均检测到4个干豆乳QTL,其中两个QTL的加性效应在两种方法中差异显著,可能是因为这两个QTL位于两个偏分离标记sat355(P=6.61e-6)和标记sat_228(P=1.16e-5)附近所致。
  (2)在NCII设计部分杂种F1及其亲本群体中,利用数量性状表型观测值、一般配合力、特殊配合力和中亲优势四个指标分别作为依变量,建立主效和上位性QTL全遗传模型,采用EBLASSO方法估计模型参数,剖析杂种优势的遗传基础。新的研究结果表明:1)在MPH的遗传模型中,部分加性×显性或显性×加性上位性效应会被错误地检测为加性效应。在SCA和MPH的遗传模型中,显性度越大,二者对显性效应的检测功效随之提高。在杂种优势遗传剖析中,数量性状表型观测值是最好的剖析指标,GCA不能用来剖析杂种优势的遗传基础;2)对杂种优势贡献大小按顺序依次为显性>显性×显性上位性>超显性>完全显性;3)当杂种F1群体在NCII交配设计群体中所占的比例增加时,显性以及其有关上位性检测功效显著提高;而加性和加性×加性上位性效应检测功效略有降低。
  (3)利用数量性状表型观测值、基因表达量和分子标记基因型信息,建立数量性状表型观测值与基因表达量+基因表达量×分子标记基因型互作遗传模型,其目的在于发掘数量性状功能基因与调控基因。针对模型中基因和基因×标记互作数目远远大于样本容量的问题,首先将直线回归分析和贝叶斯压缩估计相结合以筛选变量,然后对所有筛选变量进行压缩估计。Monte Carlo模拟研究结果表明:这种两步骤法对于超饱和线性模型参数估计是有效的。新方法挖掘了60个小鼠F2个体中与肥胖症相关的十周体重(性状1)和脂肪酸合成相关基因Scd1的RT-PCR的△CT水平值(性状2)的功能基因与调控基因。在性状1中检测到19个功能基因和15个基因×标记互作,10个功能基因被前人结果证实,9个基因×标记互作的标记附近存在调控基因;在性状2中检测到18个功能基因和14个基因×标记互作中,7个功能基因被前人结果证实,3个基因×标记互作的标记附近存在调控基因。
[硕士论文] 侯华斌
遗传学 温州医科大学;温州医学院 2011(学位年度)
摘要:目的:
   近年来随着测序技术的飞跃发展,越来越多的微生物基因组将被测序。从头组装一个微生物基因组主要分为两个阶段,第一个阶段把测序的原始序列进行拼接得到重叠群,第二个阶段是分析这些重叠群之间的关系并进行补洞。第一个阶段的生物信息学方法已经比较成熟,然而第二个阶段,尚缺乏很有效的生物信息学分析工具。并且我们发现了当前生物信息学领域尚缺少一个简单、实用的文件处理框架,所以我们这个项目的目的是:设计并完成一个非常实用的生物信息学文件处理框架,来满足一般的生物信息学分析需求;并以此框架为基础搭建一个基于蚁群遗传算法的基因组组装平台,来帮助科研工作者们完成细菌基因组组装“完成”(finish)阶段。这个平台要具有很好的用户体验,能够快速有效地得到重叠群之间的排列顺序,并能对重叠群之间的排列顺序进行可视化,还能根据重叠群排列顺序自动设计PCR引物,当分析流程结束能够及时通知用户,让用户在第一时间获得分析结果。
   方法:
   1.对基因组分析常用功能进行分析抽象,参考GOF设计模式设计基因组分析框架。
   2.采用AJAX技术提升用户体验。
   3.通过Blast程序获得重叠群相对于参考序列的坐标信息,采用蚁群遗传算法优化重叠群排列关系。
   4.采用Perl的SVG模块可视化重叠群排列关系预测结果。
   5.读取重叠群排列关系结果文件,根据重叠群排列关系整合Primer3进行批量引物设计。
   6.采用JavaMailAPI进行邮件操作。
   结果:
   1.我们构建了一个基因组分析框架,代码具有良好的可靠性、可读性和可重用性,能够胜任常见的生物信息学分析任务。该框架实现了对生物信息学常见文件格式(FASTA、FASTQ、GFF、BED、VCF、BAM和SAM)的读写操作,并实现了可以对这些文件进行排序,过滤和注释。
   2.实时获取用户上传重叠群文件大小,并实时反馈上传信息给用户,包括用户上传文件总大小,当前已上传文件大小,以及当前上传所用时间,上传完整个总共所需时间,还剩余多少时间才能上传完成等信息。
   3.长度短于一定阈值的序列都被过滤掉,剩下的Contig的排列关系被预测出来。
   4.用一张排列相连的箭头组成的SVG图片表示排列关系预测结果,该图片可以根据用户输入缩放倍数进行缩放,当鼠标悬停在某个箭头上时,弹出提示框提示该箭头所代表的Contig名字。并且用不同的颜色表示不同的contig方向,两个contig直接的距离也被标示出来。
   5.能够根据用户所设参数批量设计PCR引物,所设计的PCR引物结果以表格的形式显示在网页上,并且同时PCR引物结果还被以文本文件的形式存放到网页上,可供批量下载。
   6.用户每次提交任务都被分配给一个ID,当整个分析过程完成,自动发送该任务的分析结果链接到用户邮箱,用户点击此链接便可跳转到相应任务结果界面。
   结论:
   1.良好的分析框架设计,可以加快生物信息学工具开发,方便后续升级维护。
   2.良好的用户体验对软件开发来说至关重要。
   3.基于遗传算法的重叠群排列关系预测,适合基因组组装后期补洞应用。
[硕士论文] 王晶
发育生物学 南京师范大学 2008(学位年度)
摘要:比较基因组杂交技术因其仅通过一次试验就可以得到染色体扩增或缺失的详细信息而广泛应用于分子遗传学领域,将单细胞全基因组扩增技术与比较基因组技术相联合就可以解决痕量标本的全面分子遗传学检测的难题,在临床及法医学领域有着很好的应用前景。目的:建立单细胞全基因组扩增技术,并在此基础上摸索适于分析单细胞遗传学信息的比较基因组杂交技术的条件。方法:以单个人外周血淋巴细胞为材料,采用寡核苷酸引物聚合酶链反应扩增单细胞全基因组,并研究新鲜细胞与冷藏细胞及采用新鲜和冻存的细胞裂解物为模板对扩增产物的均匀性及特异性的影响;以单细胞扩增产物为标本,通过研究单细胞全基因组扩增产物的均匀性及片段大小、切口平移中不同片段大小的酶切片段、中期染色体玻片制作及变性时间对杂交效果的影响,建立能够全面、准确进行遗传学分析的比较基因组杂交技术,并对杂交结果进行评定,选择良好杂交效果的中期染色体进行软件分析;以来源于特纳综合征患者的淋巴细胞为材料,行已建立好的单细胞全基因组扩增联合比较基因组杂交技术进行分析,对所建立方法进行评价。结果:在单细胞全基因组扩增中,以新鲜的淋巴细胞为模板与以冷藏的淋巴细胞为模板相比,扩增产物的均匀性相当,特异性上新鲜细胞较好;细胞裂解后立即进行扩增的效果在产物的均匀性及特异性方面均明显优于冻存的细胞裂解物。扩增产物均匀且扩增片段介于200-2000bp左右,切口平移中酶切片段大小为100-1500bp范围的片段,中期染色体玻片的变性时间为3.5分钟,产生的杂交效果最好。在对阳性标本行所建立的方法进行检测,通过软件分析,所得出结果与传统细胞遗传学方法相一致。结论:本研究所建立的单细胞全基因组扩增联合比较基因组杂交技术适用于单细胞等低拷贝样本的分析,分析结果准确、可靠。
[硕士论文] 张宗磊
遗传学 中南大学 2007(学位年度)
摘要:1.研究背景 1.1间隙连接的功能及其调节 间隙连接蛋白(connexins)家族成员组装成细胞膜上介导小分子物质(分子量<1000Da)在相邻细胞之间被动扩散的间隙连接(gapjunctions)通道。多细胞生物通过间隙连接通讯(gap junction intercellular communication,GJIC)进行细胞间物质和信息交换,使得细胞对环境刺激的反应协调一致;与此同时细胞之间的GJIC也随环境改变而变化。PH值降低、细胞内钙离子浓度升高和存在跨通道电压等刺激因素通过降低间隙连接通道的通透性,抑制GJIC;而多种与细胞内蛋白激酶激活相关的刺激因素可以通过改变细胞膜上间隙连接通道的数量和通透性,上调或者下调GJIC。 1.2 Cx31.间隙连接的功能及其调节 Connexin31(Cx31)是间隙连接蛋白家族的一员。我们前期的研究表明Cx31是快速更新的动态分子;新合成的Cx31通过内质网一高尔基体分泌途径连续不断地运输到细胞膜组装成间隙连接通道,膜上原有的Cx31间隙连接通道则自细胞膜上除去并降解。人类Cx31间隙连接通道对于小分子缺乏选择性,不同分子量和电荷的染料小分子都可以通过。同其它connexin相似,人类Cx31通道在细胞内PH值降低或者跨通道电压存在的情况下关闭。Simone等报道小鼠Cx31可以在266位丝氨酸残基磷酸化,将此氨基酸突变为不能磷酸化的氨基酸后,Cx31降解速度加快,同时Cx31通道通透性降低;但是没有直接证据表明小鼠Cx31 GJIC受到蛋白激酶调节,而且人类Cx31在266位是不能磷酸化的天冬酰胺。 2.研究目标 为了寻找可以调节人类Cx31 GJIC的刺激因素,我们选择了两个广泛存在的蛋白激酶--蛋白激酶A(PKA)和蛋白激酶C(PKC),考察了在PKA和PKC激活的条件下,Cx31 GJIC水平、Cx31细胞内分布以及细胞内Cx31蛋白的总量,我们希望确定可以调节Cx31 GJIC的蛋白激酶,并且在细胞和分子水平阐明其发挥作用的机制,从而找到Cx31 GJIC动态调节的线索。 3.研究方法 为了考察PKA和PKC对Cx31的GJIC的调节作用,我们以稳定表达Cx31/myc的Hela细胞为细胞模型,在PKA和PKC激活剂、抑制剂处理细胞后,通过检测细胞间染料转移程度评价Cx3l GJIC水平。为了分析PKA和PKC调节Cx31 GJIC的机制,我们通过免疫荧光染色计数细胞间间隙连接斑以间接评价Cx31通道数量;通过Western Blot考察细胞内Cx31稳态水平以分析Cx31合成和降解的变化;通过阻断蛋白质运输不同阶段以分析Cx31运输的改变。 4.实验结果 我们发现,激活PKA 3个小时以后,Cx31通道的染料转移水平相比对照组提高2倍以上,而激活PKC 3个小时以后Cx31通道的染料转移水平降低到对照组的13%。在PKA激活3个小时以后,细胞之间可以通过荧光显微镜观察到的间隙连接斑数量增加了.45%,同时间隙连接斑的长度也有增加。PKC激活对间隙连接斑没有显著影响。无论是PKA还是PKC激活,细胞内Cx31水平都没有显著变化。进一步对Cx31细胞内运输的分析表明,阻断内质网高尔基体之间的运输或者破坏tubulin细胞骨架结构并不影响PKA对Cx31运输的促进作用,而破坏actin细胞骨架结构会显著抑制PICA的作用。 5.结论 以上结果表明,PKA激活3小时后,细胞内Cx31合成和降解没有显著变化;细胞内已经存在的位于高尔基体之后的Cx31向细胞膜上运输增加,或者组装成通道的过程加速,使细胞膜上的Cx31间隙连接通道的数量增加,从而导致细胞间染料转移水平增加;PKA的作用需要完整的actin细胞骨架结构。PKC激活3个小时后,细胞内Cx31合成、降解没有显著变化,细胞膜上Cx31通道的数量也没有显著变化,细胞间染料转移水平降低可能与通道通透性降低有关。PKA和PKC激活3个小时后,并没有发现可以由SDS—PAGE分辨出的Cx31磷酸化状态改变。 我们以前的研究已经证明Cx31的合成、运输、组装和降解是动态的连续过程。通过本研究,我们发现,细胞内PKA和PKC可以调节动态的Cx31细胞内运输、在细胞膜上的组装以及通道的通透性从而上调或者下调Cx31 GJIC。
[硕士论文] 卢克伦
动物遗传育种与繁殖 扬州大学 2005(学位年度)
摘要:  本研究利用26个微卫星标记分析了隐性白羽鸡和仙居鸡为亲本制备的F2代分离群体共500个个体各标记座位的等位基因数、基因频率、杂合度和多态信息含量,同时测定F2群体的14项屠宰性能和肉品质性状,对其进行描述性统计分析和相关性分析,采用方差分析法对标记与性状进行连锁分析,并对性状连锁的同一标记不同基因型作多重比较。采用方差分析法对25个多态性座位与14项屠宰性能和肉品质性状间进行连锁分析。   
[硕士论文] 周群兰
动物遗传育种与繁殖 扬州大学 2005(学位年度)
摘要:  本研究利用29个微卫星座位多态性分析了中国农业科学院家禽研究所国家地方禽种资源基因库保种的鹿苑鸡、固始鸡、藏鸡、白耳鸡、仙居鸡、茶花鸡、大骨鸡、北京油鸡、狼山鸡、河南斗鸡、丝羽乌骨鸡和萧山鸡等12个地方鸡品种的等位基因频率、所有座位的Hardy-Weinberg平衡以及群体间的遗传变异,并通过Dc遗传距离构建NJ和UPGMA一致树分析群体间的亲缘关系;此外还初步探讨了29个微卫星标记与鹿苑鸡体重、体尺以及公鸡的屠宰性能和肉品质性状、母鸡产蛋性能间的相关性。   本文利用最小二乘法分析29个微卫星标记与鹿苑鸡生产性能间的相关性。结果表明,在29个微卫星标记中,有3个座位与12周龄体重显著相关。
[博士论文] 林娜
生物物理 北京大学 2012(学位年度)
摘要:钙信号是心肌兴奋-收缩耦联的核心,胞浆钙信号的严格调控是维持心肌细胞正常生理活动的基础,心衰的过程往往伴随着钙信号调控紊乱。对导致心肌细胞钙紊乱的致病因子的研究多是基于培养的细胞、小鼠或者人组织样本,而利用遗传学手段高通量筛选致病基因的方法尚未建立。
  本人构建了心脏特异表达钙荧光蛋白探针GCaMP2的转基因果蝇,使用高速显微成像系统,首次建立了在果蝇成体上记录管状心脏搏动时传播的钙兴奋波的方法,并选取部分参数进行量化分析。本人发现:(1)野生型果蝇的钙波是L型钙通道和内质网钙库依赖型,并起搏于管状心脏的头端或者尾端。(2)肌钙蛋白Ⅰ突变体果蝇(hdp2)管状心脏变大,收缩不完全,有类似扩张性心肌病的表型,心肌细胞钙信号上升沿从峰值一半到峰值的时程、峰值到下降沿一半峰值的时程、半峰时程均变大,下降沿80%峰值到20%峰值的连线斜率变小。(3)与野生型相比,hdp2突变体果蝇咖啡因诱导的钙释放峰值变小,雷诺丁受体(RyR)转录水平降低,但是L型钙通道、钙库SERCA2、钠钙交换通道NCX转录水平不变。
  果蝇心脏的钙信号与哺乳动物心肌钙信号十分类似,这也证明了钙信号调控在进化上十分保守。同时在管状心脏变大,收缩不完全的肌钙蛋白Ⅰ突变体果蝇上观察到了与扩张性心肌病哺乳动物十分类似的钙调控异常和钙信号相关蛋白的转录异常。
  本项研究首次建立了在成体果蝇上检测钙信号的方法,证明了钙信号调控的保守性,在hdp2突变体果蝇上观察到了与扩张性心肌病哺乳动物十分类似的钙调控异常和钙信号相关蛋白的转录异常。这一新方法为利用果蝇这一有力的遗传学模型进行高通量钙信号相关心脏疾病致病基因筛选提供了可能。
[硕士论文] 谢新荣
内分泌学 广西医科大学 2005(学位年度)
摘要:  本文研究CTLA-4基因微卫星多态性与广西地区壮、汉族Graves病(GravesDisease,GD)的相关性,了解GD的遗传易感性。取112例广西地区壮、汉族GD患者和与之年龄性别及民族相匹配的94例正常对照组,应用聚合酶链反应技术,检测CTLA-4基因外显子4的3’非翻译区包含(AT)n[CTLA-4(AT)n]重复序列的特异性等位基因。上游引物为:5’-GCCAGTGATGCTAAAGGTTG-3',下游引物为:5’-AACATACGTGGCTCTATGCA-3'。扩增产物用8﹪非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,0.1﹪硝酸银染色,部分样品经测序以确定片段长度。   研究结论:CTLA-4基因与广西壮、汉族GD患者明显相关,CTLA-4(AT)n106bp等位基因可能是广西壮、汉族GD的易感基因,104bp等位基因可能是广西汉族GD的保护基因。   
[博士论文] 王战会
一般力学与力学基础 中国科学院力学研究所 2004(学位年度)
摘要:该文研制了微流道蛋白质芯片系统,建立了化学格式化法高通量蛋白质芯片制备方法.通过这两种方法制备的蛋白质芯片能够满足椭偏光学成像技术定量检测的要求,而且这两种蛋白质芯片与该实验室早期发展的生物活性探针和多元蛋白质芯片结合在一起形成了较为完整的无标记光学蛋白质芯片系列,使之不但能够简单方便地进行低通量蛋白质检测,而且也具有了高通量蛋白质分析的能力.该文建立的微流道蛋白质芯片系统把微流控芯片和微阵列芯片二者的优势结合在一起,以微型流动控制见长的微流控芯片被设计成微阵列芯片的微型点样仪与微型高效率反应器,而以并行分析见长的微阵列芯片成为微流道系统的专用传感器件,并且实现了在同一微型分析见长的微阵列芯片的制备与检测.微流道蛋白质芯片系统改变了阵列式生物芯片整体反应模式,使得芯片的使用更加灵活方便.通过微流道蛋白质芯片系统进行蛋白质芯片制备与检测,显著降低了试剂和样品的消耗,缩短了检测时间,把检测灵敏度提高到了纳克/毫升量级.能够多次重复使用的微流道蛋白质芯片系统,使得蛋白质芯片的使用成本大幅度降低.该文针对椭偏光学成像技术的检测特点、不同的芯片设计和配基发展了多种表面改性及配基固定技术,实现了配基分子共价连接、抗体分子定向固定、混合硅烷膜层对硅基底的表面改性以及混合烷硫醇SAM对金基底的表面改性.这些技术的使用明显提高了配基分子在蛋白质芯片表面上的稳定性,较好地保持了配基分子的生物活性,从而大幅度提高了无标记光学蛋白质芯片的检测灵敏度.该文在上述关键技术发展的基础上,还成功地开展了无标记蛋白质芯片在生物医学领域的应用.实现了在一块蛋白质芯片上进行乙肝五项指标同时检测;通过蛋白质芯片对病毒—噬菌体进行了直接检测;乙肝表面抗原检测和乳腺癌标志物定量检测已经能够达到临床免疫检测的水平;还通过无标记蛋白质芯片技术同时研究了多对生物分子之间的相互作用,并通过模型化分析获得了相互作用动力学常数.
[博士论文] 焦鹏
微生物工程 中国科学院沈阳应用生态研究所 1998(学位年度)
摘要:该论文采用SMA分子探针及HB-HG影印平板技术确立高效快速的古龙酸蛭弧菌分离筛选新体系,应用此筛选新体系,从103个样品中分离筛选到J26、91-2、91-4等多株可利用L-山梨糖产2-
[硕士论文] 栗士朋
生物数学 北京师范大学 1998(学位年度)
摘要:该文对遗传多态性研究中常见的分析方法进行了整理研究,并提出了一些自己的方法或评价.此外还针对具体分子多态性数据分析中的一些实际问题,提出了解决办法,并编写了统计分析程序.
[博士论文] 陈贤富
信号与信息处理 中国科学技术大学 1996(学位年度)
摘要:该文较为深入地研究了遗传优化的一些基本理论和基本方法.在遗传优化的基本理论方面,该文分析研究了模式定理、骗问题、GA算法的收敛性和时间复杂性等问题;在遗传优化方法方面,该文主要研究了进化策略、遗传操作以及混合GA技术等问题.
[硕士论文] 张建军
西北农林科技大学;西北农业大学 1989(学位年度)
[硕士论文] 黄亚森
中山大学中山医学院;中山大学;中山医科大学 1988(学位年度)
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