绑定机构
扫描成功 请在APP上操作
打开万方数据APP,点击右上角"扫一扫",扫描二维码即可将您登录的个人账号与机构账号绑定,绑定后您可在APP上享有机构权限,如需更换机构账号,可到个人中心解绑。
欢迎的朋友
万方知识发现服务平台
获取范围
  • 1 / 1
  (已选择0条) 清除 结果分析
找到 11 条结果
摘要:目的 影响胰腺癌中免疫细胞浸润的机制尚未明确.文章旨在研究胰腺癌中影响免疫浸润相关的lncRNA-mRNA调控通路.方法 利用TCGA以及GEO基因表达数据筛选共同的差异lncRNAs,并对筛选出的差异lncRNAs进行生存分析、靶基因预测、GO、KEGG富集分析、免疫浸润分析以及基因集富集分析(GSEA),找到免疫浸润相关通路.结果 ADAMTS9-AS1高表达的胰腺癌患者较低表达患者有更高的生存率(P=0.010).ADAMTS9-AS1相关性较强的差异mRNA,GO富集结果共筛选到356个条目,结果与免疫相关,如白细胞-细胞黏附、肿瘤坏死因子超家族细胞因子产生的调控等;KEGG结果共筛选到9个通路,分别为金黄色葡萄球菌感染、细胞周期、补体和凝血级联、卵母细胞减数分裂、孕酮介导的卵母细胞成熟、破骨细胞分化、类风湿关节炎、百日咳以及人T细胞白血病病毒1感染.对照IMMPORT数据库中2498个肿瘤免疫相关基因,发现SEMA3G为免疫相关基因,且与ADAMTS9-AS1相关性最高(r=0.657,P<0.05).ADAMTS9-AS1及SEMA3G的表达与免疫细胞浸润呈正相关(P<0.05).GSEA富集分析结果显示ADAMTS9-AS1也可能与柠檬酸盐循环、脂肪酸代谢、甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢、溶酶体、过氧化物酶体、丙酸盐代谢、蛋白酶体、丙酮酸盐代谢、核糖体、缬氨酸-亮氨酸和异亮氨酸降解通路相关.结论 ADAMTS9-AS1-SEMA3G 与胰腺癌的预后和免疫浸润水平相关,可为后续的基因验证实验和免疫研究提供理论依据....
摘要:目的 lncRNAs在不同种族肝细胞癌中的表达异同目前并不明确.文中旨在分析TCGA数据库中黄色人种、白色人种和黑色人种肝细胞癌共有和特有lncRNAs差异谱并预测其功能和调控机制. 方法 通过对黄色人种、白色人种和黑色人种的HCC患者的癌和癌旁组织进行差异分析得到各自的差异的lncRNAs,并比较3个人种差异lncRNAs基因谱情况,用韦恩图找出3个人种共有的差异lncRNAs.并对筛选出的差异lncRNAs进行生存分析、ceRNA网络构建和靶基因预测并对靶基因行GO、KEGG富集分析和转录因子预测,从而预测其调控机制. 结果 3个人种共有的肝细胞癌差异lncRNAs 49个,白色人种和黑色人种重叠基因21.5%,白色人种与黄色人种、黑色人种与黄色人种差异lncRNAs重叠率仅为7.8%和5.8%.3个人种共有的LINC01224可预测到靶基因,行GO富集分析显示,其功能和DNA复制、转位、基因表达调控、表观遗传、miRNAs基因沉默及RNA转录后基因沉默等有关;KEGG分析显示,LINC01224和细胞周期调控、DNA复制相关.白色人种生存相关的的11个lncRNAs基因中未预测到靶基因.黄色人种肝细胞癌生存相关的6个lncRNAs中,AC093609.1的靶基因通过GO富集后结果显示,其功能和离子通道活性如钙通道活性、被动跨膜转运蛋白活性有关;KEGG结果显示其参与心肌病、心肌细胞肾上腺素能等信号通路的调控;AC126118.1的靶基因通过GO富集后发现,其靶基因和多种代谢功能相关;KEGG结果也显示其参与脂肪酸降解、ABC转运蛋白、氨基酸代谢等信号通路. 结论 白色人种和黑色人种lncRNAs表达谱相似性较高,而黄色人种和白色人种、黑色人种差异较大,其中3个人种共有的LINC01224可能参与了调控肿瘤生长;黄色人种特有lncRNA(AC093609.1、AC126118.1)在肿瘤代谢等方面起了重要作用,为后续肝细胞癌的基因验证实验和功能研究奠定了基础....
摘要:目的:构建胃腺癌竞争性内源RNA(ceRNA)网络,并观察miR-204-5p和HOXC8 mRNA之间的相关性.方法:利用生物信息学方法和TCGA转录组数据库筛选胃腺癌差异基因,构建ceRNA网络,检测了miR-204-5p和HOXC8 mRNA在胃腺癌组织和SGC7901细胞株中的表达,并分析了两基因间的相互关系.结果:成功构建胃腺癌ceRNA网络,miR-204-5p是重要节点基因,并预测到其靶基因HOXC8;在32例胃腺癌中检测到miR-204-5p低表达,HOXC8高表达,两者呈负相关关系;上调胃腺癌SGC7901细胞中miR-204-5p的表达可以抑制HOXC8 mRNA的表达.结论:miR-204-5p和HOXC8可能是潜在的胃腺癌诊断指标,两者可能存在ceRNA调控关系....
摘要:目的 食管鳞癌和腺癌在分组特征方面有多大的差异目前并不明确.文中旨在分析食管鳞癌、食管腺癌转录组分子特征的差异性.方法 下载TCGA数据库中食管鳞癌和腺癌转录组数据,筛选癌及癌旁组织差异表达的RNA(mRNA、lncRNA、miRNA),构建食管鳞癌和腺癌相关的竞争性内源RNA(ceRNA)网络,对重要miRNA进行靶基因预测及GO、KEGG分析,利用生存分析显示食管鳞癌和腺癌共有差异基因.结果 ceRNA网络显示:PVT1、LINC00524、miR-204、miR-383、HOXC8、NTRK2等在食管鳞癌和腺癌中均起重要调控作用.miR-204-5p经miRWalk共预测到13227个调控靶基因,在targetscan,miRDB数据库共筛选出232个靶基因.GO功能分析显示38个富集,主要参与细胞-基质粘附的调节、细胞膜投射形态发生、β-连环蛋白结合等过程.KEGG分析显示4个相关通路:Hedgehog信号通路、寿命调节通路、雌激素信号通路、松弛素信号通路.生存分析结果显示,食管鳞癌中与患者生存相关的差异lncRNA包括LINC00261、MLIP-IT1、LINC00504,差异miRNA包括hsa-mir-338,未发现与生存相关的mRNA.食管腺癌中与生存相关的差异lncRNA包括CYP1B1-AS1、HOTAIR,差异mRNA包括IL11、NTRK2、ANGPT2、PBK.食管鳞癌和腺癌共有的差异lncRNA上调占15.4%(150个),下调占26.8%(158个);miRNA上调占24.2%(22个),下调占27.6%(8个);mRNA上调占20.5%(234个),下调占23.7%(418个).结论 食管鳞癌和腺癌存在明显的分子差异,lncRNA、miRNA及mRNA有望为食管癌的治疗和预后预测提供新的靶点与分子标志物....
摘要:目的 构建胶质母细胞瘤(GBM)ceRNA调控网络,探讨其发病机制.方法 利用GSE103229数据集的芯片数据,分析GBM中异常表达的lncRNA、mRNA和miRNA,差异基因判定标准为logFC>1,P<0.05.通过数据库分析三者之间的靶向调控关系,构建ceRNA网络并用Cytoscape软件可视化.结果 GBM差异基因中,lncRNA 1326个,癌组织中上调743个,下调583个;差异mRNA 3743个,癌组织中上调1865个,下调1878个;差异miRNA 33个,上调9个,下调24个.构建了包含miR-124、miR-128、miR-138和miR-193b的GBM的ceRNA网络.结论 成功构建了GBM相关的ceRNA网络,其中miR-124、miR-128、miR-138和miR-193b是重要的节点基因....
摘要:目的 用生物信息学方法分析食管鳞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)组织中转录组差异表达RNA,筛选和预测特异lncRNA的功能.方法 通过TCGA数据库筛选ESCC差异表达基因并构建相关ceRNA网络,在GEO中对差异lncRNA进行验证,并对筛选出的差异lncRNA进行生存分析.利用GO、KEGG和蛋白互作网络进一步分析与预后相关lncRNA的功能.结果 通过TCGA数据库共筛选出差异表达mRNA 2 064个,lncRNA 1 160个,miRNA 69个,并成功构建了lncRNA-miRNA-mRNA调控网络.GEO、TCGA共有差异表达lncRNA 26个,其中AC009264.1、PGM5-AS1及LINC00460与亚洲人ESCC患者生存相关.GO、KEGG、PPI分析表明这3个预后相关lncRNA可能参与ESCC的形成与进展.结论 通过分析ESCC转录组测序数据,发现一批预后相关lncRNA,有望为ESCC的治疗和预后预测提供新的靶点与分子标志物....
摘要:目的 通过生物信息学分析筛选出与胰腺导管腺癌(pancreatic ductal adenocarcinoma,PDAC)患者生存相关的长链非编码RNA(lncRNA),并预测其靶基因及相关信号通路.方法 通过肿瘤基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载PDAC及癌旁组织的表达谱数据及相应的临床资料,并对这些数据进行生存分析,然后通过共表达分析及基因富集分析找到与差异ln-cRNA表达相关的mRNA和信号通路.最后通过细胞实验验证AC015660.1、CASC8在PDAC细胞中的表达.结果 通过TCGA筛选出4个在PDAC中差异表达的lncRNA,其中AC015660.1和CASC8表达上调,对其进行共表达分析,分别预测出2个靶基因mR-NA;对进行单基因GSEA分析,预测出8条CASC8可能的作用通路.细胞实验显示,AC015660.1和CASC8均在PDAC细胞中高表达.结论 通过生物信息学分析筛选出与PDAC生存相关的lncRNA,为胰腺癌的预后评估提供了潜在靶点....
摘要:目的 通过数据库挖掘寻找肝癌差异长链非编码RNA并预测其调控机制.方法 从TCGA数据库中下载374例肝癌样本和50例正常样本lncRNA、miRNA、mRNA的测序数据,筛选出差异基因后构建ceRNA网络关系图,对差异基因进行生存分析.设置差异倍数(foldChange)≥2,P<0.01.结果 在差异基因中发现77个lncRNA与miRNA相关,其中6个(HTR2A-AS1、AC073352.1、AL359878.1、AP002478.1、C20rf48、MYLK-AS1)与肝癌的总生存期相关;并发现了以hsa-mir-424和hsa-mir-519d为关键节点的ceRNA调控网络.结论 通过对TCGA肝癌基因数据的分析,筛选了6个lncRNA与肝癌的生存期有关,hsa-mir-424和hsa-mir-519d是重要的ceRNA调控网络节点....
摘要:目的 通过GOLM1(GP73)在原发性肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中的表达,分析其作为HCC诊断标志物的可行性,并预测其相关RNA.方法 分析在线数据库HCC中GOLM1 mRNA表达,用含90对HCC组织和癌旁正常组织的组织芯片和免疫组化方法检测GOLM1蛋白表达;用TCGA转录组数据预测GOLM1相关的miRNA和lncRNA.结果 HCC中GOLM1 mRNA的表达高于癌旁正常组织,与HCC患者临床分期、肿瘤分级和总生存时间相关.GOLM1蛋白在HCC与癌旁组织中的表达差异无统计学意义(P>0.05).生物信息学分析预测到与GOLM1存在可能调控关系的lncRNA 6个、miRNA 48个.结论 GOLM1 mRNA可作为HCC的诊断和预后标志物,成功预测到与GOLM1相互作用的lncRNA 6个、miRNA 48个....
摘要:目的 用生物信息学方法预测食管鳞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)组织中miR-204、miR-205相关竞争性内源RNA(ceRNA)网络.方法 通过TCGA数据库筛选癌及癌旁组织差异表达的mRNA、长链非编码RNA(lncRNA)和miRNA,构建miR-204、miR-205相关ceRNA网络,并对筛选出的差异基因进行生存分析,利用GO、KEGG和PPI进一步分相关lncRNA的功能.结果 以logFC>2且 P <0.05为标准,筛选出和 miR-204、miR-205相关差异表达 mRNA 13个,lncRNA 38个,并构建了lncRNA-miRNA-mRNA调控网络.LINC00504、FER1L6-AS1与亚洲人ESCC患者生存相关.GO、KEGG和PPI分析显示:7个同时调节miR-204、miR-205的lncRNA可能参与ESCC的形成和进展.结论 通过分析ESCC转录组测序数据,预测出以miR-204和miR-205为节点的调控网络,可能是ESCC重要的调控机制和诊疗靶点....
摘要:目的 分析GPC3对原发性肝细胞癌(HCC)的诊断价值,并预测其非编码RNA调控机制.方法 用组织芯片和免疫组化方法 检测GPC3蛋白表达,并用在线工具和TCGA数据库分析、预测GPC3相关的miRNA和lncRNA.结果 HCC中GPC3 mRNA和蛋白表达均高于癌旁组织,且和HCC肿瘤病理分级相关,GPC3蛋白表达和患者临床分期相关.预测到和GPC3存在调控关系的miRNA 10个、lncRNA 2个.结论 GPC3 mRNA和蛋白可作为HCC的诊断标志物,预测到与GPC3相互作用的非编码RNA....
  (已选择0条) 清除
公   告

北京万方数据股份有限公司在天猫、京东开具唯一官方授权的直营店铺:

1、天猫--万方数据教育专营店

2、京东--万方数据官方旗舰店

敬请广大用户关注、支持!查看详情

手机版

万方数据知识服务平台 扫码关注微信公众号

万方选题

学术圈
实名学术社交
订阅
收藏
快速查看收藏过的文献
客服
服务
回到
顶部