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摘要:[目的]BTN1基因位于MHC家族的BF/BL核心区域,研究其SNPs和InDels对提高鸡抗病性有重要意义.[方法]以NCBI中Gallus gallus BTN1基因序列为参照,利用MEGA6.06软件对26个品种鸡的BTN1基因序列比较分析,筛选出与抗病性有关的InDels、SNPs和氨基酸变化,并对26个品种鸡的BTN1基因序列进行聚类分析.[结果]在Exon5和Exon17上各有1个SNPs位点,且为错义突变.SNPs位点主要发生在Intron10、In-tron13、Intron18、Intron22和Intron23上.'雪山草鸡'和'安卡红鸡'等抗病性强、适应性强的品种鸡在Exon17上发生错义突变;与抗病性较强的'安卡红鸡'相比,'来航鸡'在Exon5上存在一个错义突变.[结论]BTN1的Exon5和Exon17上SNPs位点对抗病性具有一定的影响,为家禽的抗病育种研究提供参考依据....
摘要:利用目标区域捕获测序技术对BF2(Major histocompatibility complex class I antigen BF2)基因进行序列测定,找出不同鸡种BF2基因序列上的差异.以NCBI网站上Gallus _gallus-5.0的BF2基因序列为参照标准.利用MEGA6.06软件对25个鸡种的基因序列进行比对分析,统计SNPs位点和Indel位点,并构建系统进化树进行分析.结果表明:在BF2第2、3外显子上分别存在22和31个有义突变,占BF2基因全部有义突变的78%,表明BF2基因的第2、3外显子起重要作用且拥有丰富的多态性.第5、6、7外显子属于保守区域.25个鸡种大致可被分为3大类:鹿苑鸡、如皋黄鸡、溧阳鸡和太湖鸡等聚为一类;罗斯鸡和隐性白羽肉鸡等聚为一类;雪山鸡和广西黄鸡等聚为一类.表明中国地方鸡品种间的同源性较小,BF2基因在不同鸡种上具有丰富的遗传多样性,在第2外显子上C/T突变和第3外显子上A/C突变可作为BF2基因有关抗病的候选SNPs位点....
摘要:BNK(C-type lectin-like receptor 2)基因为C型凝结素受体基因中的抑制性基因,与禽类先天免疫性能关系密切.本研究以NCBI中Gallus gallus BNK基因序列为参考,利用MEGA6软件对24个鸡品种的BNK基因进行序列比较分析,筛选出外显子和内含子上的SNPs位点、Indels以及氨基酸变化,并对24个鸡品种进行系统聚类.研究发现,SNPs位点大多发生在Exon3、Exon5和Exon6上,且多为错义突变.内含子上的SNPs位点大多发生在Intron1、Intron2和Intron4上.插入缺失发生在Intron2、Intron4和Exon5上,并且大多数品种Indels序列基本一致,国内外鸡品种之间并无显著差异.系统聚类分析将这些鸡品种分为3类,狼山鸡、罗斯鸡、隐性白羽肉鸡、茶花鸡和如皋黄鸡为一类;其次,雪山鸡、安卡鸡、斗鸡和萧山鸡聚为一类;固始鸡单独为一类,表明固始鸡的BNK基因为单独起源.综上表明,BNK基因在我国地方鸡品种中具有丰富的遗传多样性,与不同鸡品种的先天免疫性能存在关联,这为家禽的免疫遗传学和抗病育种提供了参考依据....
摘要:DMA(major histocompatibility complex,class Ⅱ,DM alpha)基因是鸡MHC Ⅱ类典型基因座,与免疫反应和抗病性密切相关.试验对25个不同鸡种的DMA基因序列进行目标捕获测序,以NCBI上Gallus gallus的DMA基因序列作为参考序列,通过MEGA6软件进行序列比对分析,筛选出不同鸡种DMA基因序列上的SNPs和Indels(insertion-deletion)位点以及氨基酸的变化,并根据基因序列的差异构建系统进化树,探究不同鸡种间的同源性.结果表明,DMA基因呈现出丰富的多态性,突变和缺失位点集中于外显子上,且多个鸡种在第2外显子发生多位碱基缺失,导致其氨基酸序列发生极大改变,可能是不同鸡种产生抗性差异的主要因素;同时进化树也显示,斗鸡、藏鸡等抗性较好的鸡种间有相近的亲缘关系,同源性较高.以上结果表明,DMA基因有丰富的遗传多样性,且与不同鸡种的先天免疫与抗病特性差异相关,第2外显子中94 496~94 552的Indels可以作为鸡免疫特性的候选标记....
摘要:以雪山黄鸡为研究对象,测定其屠宰性能、皮肤厚度、毛孔密度、直径和肉品质相关指标.结果显示:背部与腹部在毛孔密度、直径与皮肤厚度存在显著差异(P<0.05),不同性别之间相同部位的毛孔密度、直径也存在显著差异(P<0.05).公鸡和母鸡的屠宰率差异不显著(P>0.05),但母鸡体重和胸肌率显著高于公鸡(P<0.05),而全净膛率和腿肌率显著低于公鸡(P<0.05).公、母鸡腿肌的剪切力、pH和脂肪含量显著高于胸肌(P<0.05),但同一部位仅有pH在公母之间存在显著差异(P<0.05).公、母鸡胸肌的失水率、蛋白含量显著高于腿肌(P<0.05),但相同部位在公母之间没有显著差异(P>0.05).表明雪山黄鸡羽毛密度紧凑、屠宰性能与肌肉品质良好,适于冰鲜鸡加工,有利于其在市场的推广....
摘要:为揭示遗传力和标记密度对估计基因组育种值的影响和探讨基因组选择在家禽育种中的效果,运用QMSim软件分别模拟不同遗传力、不同标记数目的群体结构数据、基因组信息数据及相应的表型数据;运用基因组最佳线性无偏估计(GBLUP)方法估计基因组育种值,并计算基因组育种值的准确性;比较基因组选择与表型选择在育种成本以及遗传进展的差异.结果显示,随着遗传力和标记数目增加,估计育种值准确性明显提高,同时基因组选择在遗传进展上具有明显优势,但是在对表型选择与基因组选择进行成本分析时,基因组选择的成本并没有明显提高.因此,基因组选择育种在家禽育种过程中具有明显优势....
摘要:通过检测鸡NLRC5基因启动子区域单核苷酸多态位点(Single nucleotide polymorphisms,SNPs),以期筛选与免疫性状相关的遗传标记.采用PCR-SSCP方法对广西黄鸡(F2)以及矮小品系XA和XB系的NLRC5基因启动子区SNPs进行检测,并对不同基因型个体与免疫指标进行关联分析.结果发现在A-1810G处有1个突变.在XA、XB鸡群中共检测到3种基因型,等位基因A的频率分别为0.833、0.842,G的频率分别为0.167、0.158;而F2中只检测到野生型和杂合子,未发现突变型,等位基因A的频率平均为0.9,G的频率为0.1,卡方检验结果表明XA系、XB系极显著偏离了Hardy-Weinberg平衡(P<0.05);对不同基因型个体与免疫指标进行关联分析发现:三个品种中,除血清IL-1β浓度外,突变型个体的H/L值、IgY、IgM等免疫指标均显著低于杂合子和野生型(P<0.05);XA系中野生型和杂合子的H/L值、IgM差异不显著(P>0.05);XB系中野生型和杂合子IL-1β和IgY差异不显著(P>0.05);F2系中野生型和杂合子IL-1β和IgM差异不显著(P>0.05).野生基因型(AA)的综合免疫性能要优于杂合子(AG)和突变型(GG),AA型可以作为一般抗性的优势基因型,结合分子标记辅助选择的方法进行抗病新品系的选育工作....
摘要:为了对市场上出售的冰鲜鸡进行新鲜度等级划分,研究利用生物发光法,快速检测屠宰后4、8、12、24、48、72 h的鸡胸、腿肉中ATP含量,并以此为标准将肉品新鲜度划分成不同等级.结果表明,鸡肉中ATP含量随屠宰后时间延长而不断下降,直至为零.其中,屠宰后12和24h有小幅波动,基本符合生物体ATP降解规律.根据屠宰后不同时间鸡肉中ATP含量,将1~4 h (ATP含量大于1.00× 10-8 mol/g)上市的鸡肉定为一级鲜品,4~24 h(ATP含量为1.00× 10-11~9.99× 10-8 mol/g)内的鸡肉定义为二级鲜品,24~72 h(ATP含量为1.00×10-12~9.99× 10-11 mol/g)内的鸡肉定为三级鲜品,72h以后(ATP含量小于1.00×10-12 mol/g)的鸡肉定为冻品....
[专利] 发明专利 CN201810941751.1
扬州大学 2019-01-11
摘要:本发明公开了一种乌嘴白羽鸭肉品质综合评价的新方法,该方法选定了主要的肉品质评价指标,并对各个指标进行相关性分析,确定综合评价指数,规范了肉品质的评价指标及其标准测定方法,从而能够获得更加准确、可靠地实验数据,通过对各评价指标进行相关性分析,确定它们之间的相互关系,从而为建立统一的评价方法与标准提供参考,能更好的指导育种工作以及促进养禽业的快速发展。
[硕士论文] 郭其新
动物遗传育种与繁殖 扬州大学 2018(学位年度)
摘要:生殖系细胞作为遗传信息的载体,其为物种基因组完整性及遗传多样性提供物质基础。而精子作为雄性生殖细胞,其基因组特性、表达与调控模式对个体及物种维持都至关重要。但是在家禽中关于精子发生的研究并没有被重视,尤其是近年来,鸡繁殖力持续下降问题始终困扰家禽养殖业的发展,尤其地方鸡种中每年由近12%的公鸡因精子发生障碍而被动淘汰。另外,垂直传播的遗传性疾病作为当下迫切需要解决的问题之一,而精子作为这类疾病的一个重要的传播媒介,因此,精子发生的机制以及调控模式成为当前家禽养殖业迫切需要解决的问题之一。精子发生是多细胞生物产生雄性配子的过程,整个精子发生过程受到激素、表观遗传、非编码RNA以及其他一些调控元件的调控。miRNA(micro RNA)作为一类长度为~22nt左右的非编码小RNA,其在大多数生物过程中均发挥重要的调控作用。miRNA通常与mRNA的3'-UTR以不完全互补配对的方式识别并结合,进而在基因转录后发挥负向调控作用。大量的研究表明,miRNA在鼠精子发生过程中起到至关重要的作用,但是在家禽中对精子发生整个时期的miRNA的表达研究较少。本研究以中国地方鸡种---狼山鸡为研究对象,分别对鸡胚胎成纤维细胞(CEF),PGCs,SSCs,Sa和精子细胞进行小RNA测序,并通过基因组比对、差异比较、靶基因预测及靶基因功能注释等分析方法,筛选在鸡精子发生过程中差异表达miRNA,同时通过双荧光素酶报告系统鉴定miRNA与其靶基因的靶向关系,确定miRNA在精子发生过程中调控机制,为研究鸡精子发生过程中相关miRNA提供理论依据。
  研究结果如下:
  1.为探究参与鸡精子发生及PGCs增殖分化相关的miRNA,本研究利用深度测序技术获得PGCs,SSCs,Sa及精子中表达的miRNA。通过与miRbase数据库比对,结果显示CEF中注释到559条miRNA,PGCs注释到685条miRNA,SSCs共注释到305条miRNA,Sa注释到576条miRNA和精子中共注释到635条miRNA。同时通过对未注释到miRNA的序列进行结构分析,分别在CEF,PGCs,SSCs,Sa和精子中鉴定出73,137,94,66和397条具有miRNA结构的Novel miRNA。miRNA表达水平分析表明精子中的miRNA含量相对较少,且表达水平较低。另外,通过对Novel miRNA进行靶基因预测及功能注释,发现其主要涉及TGFβ信号通路、Wnt信号通路以及MAPK信号通路等。miRNA进行差异表达分析结果显示PGCs、SSCs、Sa及精子中counts>10000的miRNA分别含有6条、2条、1条和0条。基于差异表达分析,本研究获得PGCs、SSCs、Sa及精子miRNA的表达谱。另外,通过对PGCs、SSCs、Sa及精子miRNA的表达谱中的miRNA进行靶基因预测,构建PGCs、SSCs、Sa及精子中miRNA-基因调控网络。
  2.为探究PGCs向SSCs,SSCs向Sa分化过程相关的miRNA,本研究通过对PGCs、SSCs及Sa进行两两比较,发现miRNA:miR-202-3p,miR-202-5p,miR-147和miR-126-3p四个miRNA在三组中均存在差异表达。本研究通过对筛选得到的4个miRNA进行靶基因预测,并对靶基因进行GO和KEGG分析,结果显示LIMK2为miR-202-5p的一个候选靶基因。通过对各生殖系细胞中miR-202-5p和LIMK2的表达量进行分析,发现miR-202-5p和LIMK2之间存在逆向调控关系。双荧光素酶实验结果显示miR-202-5p通过靶向LIMK2抑制SSCs向A型Sa以及粗线期精母细胞分化。
  3.为了探究细胞增殖过程相关的miRNA,本研究通过将PGCs、SSCs和Sa中表达的miRNA分别与精子表达的miRNA进行差异比较,对这些存在差异的miRNA进行Venn分析,发现有128条miRNA均与精子存在差异,差异miRNA的靶基因GO和KEGG分析结果显示miR-301a-5p可以靶向TGFβ2参与调控TGFβ信号通路,并且通过双荧光素酶实验结合miRNA zipper技术证明miRNA可以靶向TGFβ2参与调控TGFβ信号通路。
  综上所述,表明miRNA在精子发生过程中起到至关重要的调控作用,其中miR-202-5p通过靶向LIMK2参与调控SSCs向A型Sa以及粗线期精母细胞分化,而miR-301a-5p通过靶向TGFβ2调控TGFβ信号通路调控细胞增殖。
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