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摘要:目的 分析2017年吉林省水痘-带状疱疹病毒(varicella zoster virus,VZV)基因型别,区分疫苗株与野毒株.方法 2017年1~3月在吉林省收集到的10份疑似水痘患者的疱疹液或咽拭子样本,采用实时荧光定量PCR方法检测病毒核酸,用普通PCR扩增病毒的ORF22、ORF38和ORF62的特定区域.用ORF22的5个SNPs确定病毒株的基因型别,用ORF38和ORF62的4个SNPs区分疫苗株与野毒株.使用MEGA5和BioEdit软件分析序列结果.结果 10份疑似样本均为VZV阳性,Clade 2遗传支.其中JL17-7样本在38 048位发生了C→T的同义突变.ORF22核苷酸的亲缘性关系树分析发现,10份样本均和Clade 2代表株在同一个分支上,与Clade 2代表株的核苷酸与氨基酸同源性分别为99.5%~100%和99.3%~100%.10份样本的ORF38和ORF62的4个特异SNPs均为A-T-T-T,与野毒株一致.结论 2017年吉林省流行的VZV均属Clade 2遗传支,且均为野毒株....
摘要:为了从分子水平上初步探讨我国流行HAdV-4的基因特征以及分子进化规律,为HAdV-4在我国的疫情监测与防控以及疫苗研发提供科学数据,本研究通过对2013~2014年间在陕西、云南、吉林和山东4省发热呼吸道症候群监测病例鼻咽拭子标本中分离得到的HAdV-4毒株,分别进行Penton base,Hexon和Fiber三个靶基因的序列测定,同时下载GenBank数据库中所有我国及全球流行HAdV-4病毒株的上述三基因序列进行比对,构建基因亲缘性关系树,并使用生物信息学分析软件进行基因特征和分子进化分析.结果显示:全球HAdV-4病毒株可划分两个进化分支(HAdV-4p和HAdV-4a),我国自2008年至今流行的HAdV-4病毒株属于HAdV-4a进化分支,与全球优势流行株一致;HAdV-4p和HAdV-4a进化分支病毒株的三个基因序列在时间和空间上均具保守性和稳定性,核苷酸和氨基酸突变主要与不同进化分支密切相关;HAdV-4基于三个基因的估算进化速率分别为3.73×10-5碱基替代/位点/年,1.86×10-5碱基替代/位点/年和4.09×10-5碱基替代/位点/年;基于Fiber基因估算的最近共同祖先(The most recent common ancestor,tMRCA)结果显示,HAdV-4起源于1771年,其中HAdV-4p和HAdV-4a可分别追溯至1933年和1962年.为了进一步积累并完善上述HAdV病毒学监测数据,我国急需建立长期有效的HAdV监测体系....
摘要:研究2013~2014年中国大陆分离到的输入性B3基因型麻疹野毒株的N蛋白羧基端核苷酸和氨基酸特征.应用MEGA6.0软件对2013~2014年输入我国的B3基因型麻疹病毒、GenBank下载的WHO参考株、2013~2014年全球流行的B3基因型麻疹病毒代表株和中国疫苗株泸191(S191)构建基于N蛋白COOH端450个核苷酸片段序列的亲缘性关系树、分析其核苷酸和氨基酸差异.13株B3基因型中国分离株间的核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别为99.7%~100%和100%;与B3基因型WHO参考株的核苷酸和氨基酸同源性分别为96.6%~96.8%和95.3%~97.3%;与2013~2014年流行的B3基因型的麻疹野病毒代表株的核苷酸和氨基酸同源性分别在90.0%~100%和87.9%~100%;与S191的核苷酸和氨基酸同源性分别为93.3%~93.5%和87.2%.本研究对积累我国麻疹病毒分子流行病学基线数据具有很重要的意义,随着我国进入麻疹消除加速阶段,将会监测到更多的非本土基因型的输入,需要进一步加强病毒学监测,防止输入性麻疹野病毒在我国扩散和传播....
摘要:人呼吸道合胞病毒(Human respiratory syncytial virus,HRSV)是引起婴幼儿下呼吸道感染的主要病原体之一.HRSV粘附蛋白(Attachment glycoprotein,G)是病毒膜表面糖蛋白,介导保护性免疫,是抗HRSV抗体和疫苗等的研究热点之一.为研究2008~2014年中国HRSV B亚型G蛋白编码基因的基因特征,于2008~2014年收集的363份HRSV阳性临床标本或病毒株中挑选89份代表株进行G蛋白编码基因全长核苷酸序列的扩增和测序,使用Sequencher 5.0进行序列的编辑,使用MEGA 5.0进行序列比对和亲缘关系进化树构建以及氨基酸变异分析.89份代表株分别挑选自中国北京、吉林、广东、河北、湖南、陕西6省市发热呼吸道感染患者鼻咽拭子或病毒分离株,基因型包括BA9、BA10、BAc、BA、CB1及SAB4,覆盖我国近年流行的优势基因型.亲缘关系分析显示,89株代表株可以分为6个分支,同一基因型G蛋白编码基因核苷酸序列荟聚为一个分支;89份代表株之间的核苷酸(氨基酸)遗传距离为0.03(0.04),与原型株CH-18537株的核苷酸(氨基酸)遗传距离为0.08~0.10(0.14~0.18),其中B5分支与原型株的核苷酸(氨基酸)遗传距离最远为0.10(0.18);氨基酸变异主要在第二高变区,其次为第一高变区.在中心保守区(aa164~176)以及CX3C模序区,89条HRSV B亚型G蛋白编码基因氨基酸序列与原型株CH-18537株一致.本研究表明2008~2014年中国HRSV B亚型G蛋白编码基因变异较多,但在中心保守区和CX3C模序区保守,本研究为我国HRSV的病毒学研究提供了基础科学数据....
摘要:对2008~2014年收集的中国8省市人呼吸道合胞病毒(Human respiratory syncytial virus,HRSV)A亚型87株代表株进行G蛋白编码基因全长核苷酸序列测定和分析,阐明其核苷酸和氨基酸动态变异特征.根据G蛋白第二高变区的靶基因特征,从2008~2014年中国8省市流行的A亚型人呼吸道合胞病毒中挑选代表株,并采用RT-PCR方法对G蛋白编码基因进行扩增和序列测定,通过Sequencher 5.0、MEGA5.05等生物信息学软件进行序列拼接、比对,分析基因亲缘性和氨基酸变异特点.2008~2014年中国8个代表省市收集的296份HRSVA阳性标本,依据靶基因变异程度及特征共挑选出代表株87株,覆盖2008~2014年流行的各基因型,包括GA5,NA4,NA1,NA3,ON1;对87株代表株进行G蛋白编码基因全长序列测定和同源性分析,核苷酸同源性为88.21%~100%,氨基酸同源性为82.09%~100%,与原型株long株的核苷酸和氨基酸同源性分别为89.22%~91.07%和82.77%~86.82%;变异主要集中在第二高变区,其次在胞浆区和第一高变区.根据G蛋白全长核苷酸序列构建亲缘关系进化树,87株代表株可以分为5个分支,与国际上通用的依据G蛋白第二高变区为靶基因进行的基因分型及进化树分支结果一致.本研究系统分析了2008~2014年中国8省市人呼吸道合胞病毒A亚型G蛋白编码基因的基因特征及氨基酸变异情况,为中国人呼吸道合胞病毒的病原学研究,预防和控制提供了重要的病毒学基础研究数据....
摘要:本研究基于2009~2015年我国北京、河北、湖南、山东、山西、陕西六个地区脑炎脑膜炎症候群监测数据,针对腮腺炎病毒引起的脑炎脑膜炎(简称腮腺炎脑炎脑膜炎)病例检出情况和流行病学特征进行系统分析.结果显示,2009~2015年期间,我国六个监测地区腮腺炎病毒是引起病毒性脑炎脑膜炎的主要病原之一.在6 002例脑炎脑膜炎监测病例中,共检测到489例腮腺炎脑炎脑膜炎病例,腮腺炎病毒阳性检出率为8.15%.通过流行病学分析,发现腮腺炎脑炎脑膜炎和普通腮腺炎的流行病学特征是一致的.腮腺炎脑炎脑膜炎发病主要集中在冬春季节;15岁以下的儿童和青少年是腮腺炎脑炎脑膜炎的主要发病人群,占腮腺炎脑炎脑膜炎总病例数的89.16%,腮腺炎病毒检测的阳性病例数和阳性检出率男性高于女性;发病人群主要为散居儿童、学生和幼托儿童;腮腺炎脑炎脑膜炎临床表现主要症状以发热、恶心、呕吐和精神萎靡为主.部分患者还表现为嗜睡、抽搐、意识障碍、脑膜刺激征、颈项强直等中枢神经感染症状.15岁以下儿童和青少年是我国预防腮腺炎脑炎脑膜炎的重点人群,也是腮腺炎病毒减毒活疫苗免疫接种的重点人群.本文通过对2009~2015年脑炎脑膜炎症候群监测病例中腮腺炎脑炎脑膜炎病例进行分析,初步阐明了腮腺炎病毒在我国病毒性脑炎脑膜炎症候群中检出情况和流行特征,为我国腮腺炎的防控,尤其是腮腺炎病毒引起的脑炎脑膜炎的防控提供了一定的基础数据....
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