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摘要:试验旨在研究参与激素调节并调控卵巢功能的可能基因,挑选候选基因G蛋白偶联受体1(G protein-coupled receptor 1),深入研究其是否参与激素调节.根据转录组测序获得的京海黄鸡GPR1基因的CDS序列设计一对引物,利用实时荧光定量RT-PCR方法,检测GPR1基因在高、低产京海黄鸡卵巢组织中的表达情况,并与生物信息学进行关联,使用多种生物软件和在线工具对目的序列进行生物信息学分析,分析GPR1基因与其他物种的同源性、蛋白质的理化性质、蛋白质序列的跨膜区、亚细胞定位、亲水性、潜在的磷酸化位点、保守结构域及该基因所编码蛋白质的二、三级结构.结果显示,京海黄鸡与GenBank中原鸡、人、牛、野猪、黑猩猩、家兔、马、绵羊、藏羚羊、大鼠、小鼠、斑马鱼的同源性分别为100.0%、69.0%、69.1%、69.3%、68.9%、69.6%、69.2%、68.8%、68.9%、67.5%、69.0%和50.3%;氨基酸分析发现GPR1蛋白为疏水性蛋白,分子质量为40.41 ku,理论等电点为6.91,为7次跨膜蛋白;亚细胞定位显示,该蛋白属于非分泌蛋白;预测该蛋白含有25个潜在的磷酸化位点,1糖基化位点;二级结构以无规则卷曲为主,三级结构为7次跨膜螺旋结构;组织表达分析显示,GPR1基因在低产组的表达情况极显著高于高产组(P<0.01).本试验结果将有利于GPR1基因功能的进一步分析,为研究该基因对京海黄鸡产蛋性状的调控机理提供理论依据....
[硕士论文] 袁曼曼
动物遗传育种与繁殖 扬州大学 2018(学位年度)
摘要:本试验采用PCR-SSCP技术检测了京海黄鸡中Fbxl5(F-box and lecucine-rich repeat protein5)基因以及Myf6(myogenic factor6)基因的多态性,并且运用一般线性模型与京海黄鸡的经济性状进行相关联分析,旨在探讨这两个候选基因影响生长、繁殖性状的分子机理;同时,利用实时荧光定量PCR技术研究两个候选基因在京海黄鸡和金茅黄鸡公母鸡的不同组织的表达谱,以及不同生长时期的表达规律。主要研究结果如下:
  1.以Fbxl5基因为候选基因,对该基因CDS区进行了单核苷酸多态性检测。结果表明:试验共发现了四个突变位点,其中T14286C位于外显子3上,T14291C位于内含子3上,T15780C位于外显子4上,G19048A位于外显子5上,除了T14286C突变造成了编码氨基酸从亮氨酸变成脯氨酸,是非同义突变外,其余位点均未造成编码氨基酸的改变,属于同义突变。利用PHASE2.1软件对该基因检测到的4个突变位点进行单倍型分析,发现在京海黄鸡12世代核心群母鸡群体中,这4个突变位点形成了8种单倍型。与生长性状关联分析的结果表明,单倍型组合H1H8型个体的各周龄体重均高于其他单倍型组合个体,为优势单倍型组合,并且单倍型组合H1H8型个体和H3H8型个体在0、12、14、16周龄体重方面显著或极显著高于其他单倍型组合(P<0.05或P<0.01)。繁殖性状关联分析结果表明:单倍型组合H9H11的开产日龄均值是所有单倍型组合中均值最大的组合,且极显著大于H1H1、H1H3、H1H4、H1H8、H1H9组合(P<0.01);单倍型组合H1H2是开产体重最大的组合,且单倍型组合H1H2、H1H3、H1H4、H1H8均显著高于H8H9、H9H9组合(P<0.05);单倍型组合H2H4是开产蛋重最大的组合,单倍型组合H4H9是开产蛋重最低组合;单倍型组合H1H2是300日龄体重最高组合,且H1H2、H1H3、H1H8组合极显著高于H8H9组合(P<0.01);单倍型组合H9H11是300日龄平均蛋重最高组合,除单倍型组合H2H4、H9H9之外,其余组合均有极显著或者显著差异(P<0.05或P<0.01);单倍型组合H1H4是300日龄产蛋数数量最高组合,单倍型组合H1H3、H1H4均显著高于H3H8组合(P<0.01)。
  2.以Myf6基因为候选基因,对该基因CDS区进行了单核苷酸多态性检测。结果表明:试验在外显子1中共发现了一个变异位点T586C,经检测,在此位点上形成了三种基因型,分别为HH、Hh、hh,此处的突变导致其编码的氨基酸由丙氨酸突变成天冬氨酸,属于非同义突变。运用SPSS软件将Myf6基因在外显子1中所形成的突变位点与生长性状进行关联性分析,由结果可知,HH、Hh、hh三种基因型个体在0周、2周、4周、6周龄的体重无显著差异(P>0.05),但在8周、10周、12周、14周、16周龄上,Hh基因型个体体重极显著高于HH基因型个体(P<0.01)。繁殖性状关联性分析结果表明,在开产蛋重上,基因型hh个体显著高于HH个体(P<0.05),除了开产日龄,在其余性状上,三种基因型个体的性状虽无显著差异(P>0.05),但Hh基因型个体均优于其他两种基因型个体。
  3.对两个候选基因的表达谱和表达规律进行的研究,发现在两个鸡种上,候选基因在胸肌、腿肌上均高表达;Fbxl5基因的表达规律结果表明:在金茅黄鸡公母鸡、京海黄鸡公鸡上,候选基因的表达量在出雏期为最高,之后均是先大幅下降然后有少量回升,而在京海黄鸡母鸡上,其表达量为先持续上升然后大幅下降。My f6基因的表达趋势较为稳定,在两个品种的鸡上,表达趋势总体上均为上升趋势,并在16周龄时达到最高,两个鸡种的表达规律表明,Myf6基因在不同品种、不同时间段上、胸肌的表达量始终高于腿肌。
[专利] 发明专利 CN201710737096.3
扬州大学 2017-10-24
摘要:本发明涉及生物工程领域,具体涉及一种检测鸡WNT9A基因表达量的试剂盒及检测方法。该试剂盒由特异性引物、2×浓度的Premix试剂、50×浓度的ROX Reference Dye II和灭菌水组成,其中所述的特异性引物的序列如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2,SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4以及SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6所示。用本发明的试剂盒选择的检测方法简单快捷,可对鸡WNT9A基因表达量进行测定,研究WNT9A基因在鸡各种组织中的表达规律。
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