绑定机构
扫描成功 请在APP上操作
打开万方数据APP,点击右上角"扫一扫",扫描二维码即可将您登录的个人账号与机构账号绑定,绑定后您可在APP上享有机构权限,如需更换机构账号,可到个人中心解绑。
欢迎的朋友
万方知识发现服务平台
获取范围
  • 1 / 1
  (已选择0条) 清除 结果分析
找到 2 条结果
[期刊论文] 肖之夏 郑用琏
-
北大核心 CSTPCD CSCD CA CBST
-
摘要:采用solexa测序技术,对大刍草苗期全株各组织转录组进行了RNA-Seq测序、de novo拼接和信息比对研究.结果表明:转录组测序共得到了46.4 GB的原始数据,归并整理后获得长76 bp的序列有175 101 250条,经质量控制和de novo拼接后,共获得了58 147条大刍草转录本,其平均长度为1 335 bp.比对分析发现其中94.3%的转录本和玉米B73自交系的cDNA序列有较好的匹配,与水稻匹配的有84.1%,高粱84.6%,短柄草83.9%,共56 036条转录本....
[硕士论文] 肖之夏
生物化学与分子生物学 华中农业大学 2012(学位年度)
摘要:人类对玉米的驯化从10000年前农业文明起源的时候就开始了,而对于玉米祖先的争论也一直持续了很多年。近些年研究者对一些近源物种染色体形态数量、叶绿体、核糖体、同工酶及相关分子遗传学的研究表明大刍草中的Z.m.ssp。parviglumis就是玉米的祖先。本研究利用RNA-Seq技术,对大刍草的转录组进行了De novo的拼接,并对拼接得到的转录本序列进行了分析研究,包括对基因表达量的统计,与玉米B73以及其他三种单子叶植物的转录本或蛋白序列进行了比较,通过GO、KEGG、KOG、UniPort等数据库进行了简单的功能注释。
   本研究以6种大刍草的苗期样本为研究材料,利用solexa测序技术对其进行了RNA-Seq测序。我们首先对测序得到的序列进行了质量控制,最终保留了原始序列的77%。在确保得到了高质量的数据后,利用Trinity和TGICL软件进行了De novo的拼接,共得到了58147条大刍草转录本,它们的平均长度为1335bp,比B73转录本普遍偏短,所有的后续分析研究都基于此拼接结果。在用RT-PCR进行了序列验证后我们较为确信了拼接的准确性。接着我们采用了BLAST和BLAT两款软件将大刍草的转录本和玉米B73、高粱、短柄草和水稻进行了比较,发现了其中的高度同源序列,然后采用了RPKM值对大刍草转录本的表达量进行了估计。在对转录本的注释过程中,我们采用了几个常用的功能注释数据库,其中UniProt数据库的注释较为全面。
   本研究中对于大刍草转录组的研究,对大刍草和玉米在进化上的关系进行了验证,并为后来对于大刍草基因的研究提供了可参考的序列信息,将有助于后来的研究发掘在进化过程中对于玉米和大刍草形态上巨大变化发挥作用的基因。而本文中的研究方法,对没有参考基因组作物的转录组研究也能提供有意义的参考。
  (已选择0条) 清除
公   告

北京万方数据股份有限公司在天猫、京东开具唯一官方授权的直营店铺:

1、天猫--万方数据教育专营店

2、京东--万方数据官方旗舰店

敬请广大用户关注、支持!查看详情

手机版

万方数据知识服务平台 扫码关注微信公众号

万方选题

学术圈
实名学术社交
订阅
收藏
快速查看收藏过的文献
客服
服务
回到
顶部