绑定机构
扫描成功 请在APP上操作
打开万方数据APP,点击右上角"扫一扫",扫描二维码即可将您登录的个人账号与机构账号绑定,绑定后您可在APP上享有机构权限,如需更换机构账号,可到个人中心解绑。
欢迎的朋友
万方知识发现服务平台
获取范围
  • 1 / 1
  (已选择0条) 清除 结果分析
找到 8 条结果
[博士论文] 申翠翠
生物化学与分子生物学 华中农业大学 2018(学位年度)
摘要:PPR(pentatricopeptide repeat protein)蛋白是近年发现的一类RNA结合蛋白家族,从原生生物、藻类到陆生植物和哺乳动物等均有分布,尤其在陆生植物中分布最多,例如拟南芥中含有450多种。PPR蛋白由核基因编码并主要定位到线粒体或叶绿体中发挥作用,参与RNA的转录、剪接、编辑和翻译等多种代谢途径。它们在植物的电子呼吸链传递、光合作用、生长发育以及育性恢复等过程中发挥着重要作用;在人类中,PPR蛋白还与各类神经衰退疾病相关。
  PPR蛋白由2-30个数目不等的重复基序串联而成,每个基序一般长35个氨基酸,这类基序称为P型基序,研究表明PPR蛋白与靶标RNA序列之间存在模块化识别,即每个重复序列可以特异性地识别一个RNA碱基,基序中第5位和第35位的氨基酸在识别过程中发挥关键作用,这两个位置氨基酸组合称为识别密码。PPR具有应用于RNA操作的潜力,但是由于PPR基序特异性识别RNA碱基的分子机理尚不清楚,限制了PPR作为RNA操作工具的开发进程。为了揭示PPR基序与RNA碱基之间的识别机制,本研究的主要结果如下:
  1、人工设计出一系列性质均一且可溶的dPPR蛋白。
  本课题组对拟南芥中所有P型PPR蛋白的基序进行保守性分析,基序上第1-35位上均存在一个最保守的氨基酸,由这些保守氨基酸组成的序列称为dPPR(designer PPR)基序。我们固定其他位置上的氨基酸不变,只改变第5位和第35位,于是得到携带不同识别密码的dPPR基序。我们将10个dPPR基序串联并分别在N端和C端加上一段促进水溶性的NTD和CTD结构域,得到一系列人工设计的dPPR蛋白。实验证明,这些蛋白性质均一稳定,可溶性好。
  2、揭示了PPR基序与RNA碱基之间互作的对应关系
  通过EMSA实验,我们筛选到可以分别特异识别四种RNA碱基的dPPR基序:当dPPR基序的第5位和第35位分别为天冬酰胺N和天冬氨酸D时(简称ND),该dPPR基序特异识别RNA碱基U;当dPPR基序的第5位和第35位分别为天冬酰胺N和丝氨酸S时(简称NS),该dPPR基序特异识别RNA碱基C;当dPPR基序的第5位和第35位分别为丝氨酸S和天冬酰胺N时(简称SN),dPPR基序特异识别RNA碱基A;当dPPR基序的第5位和第35位分别为苏氨酸T和天冬氨酸D时(简称TD),该dPPR基序特异识别RNA碱基G。
  3、解析了dPPR-RNA复合物的晶体结构,揭示dPPR基序与RNA碱基之间的识别机制。
  为了揭示dPPR基序与RNA碱基之间的识别机制,我们获得了四种dPPR-RNA复合物的结构,其中dPPR蛋白分别识别四条含不同碱基的RNA系列。结构显示dPPR蛋白呈现右手超螺旋构象将RNA包裹在内部,在原子水平上揭示了识别密码与对应RNA碱基之间的特异识别模式。另外非密码氨基酸如第2位的缬氨酸和第13位的赖氨酸分别通过范德华力和静电力在RNA结合过程中发挥重要作用。
  这一系列研究成果为准确预测自然界中PPR蛋白的靶标序列和研究新PPR蛋白的功能提供了参考,同时对开发特异识别RNA序列的蛋白质工具具有重要意义。
[硕士论文] 申翠翠
植物病理学 华中农业大学 2013(学位年度)
摘要:核盘菌(Sclerotinia sclerotiorum(Lib.) de Bary)是世界性分布的重要植物病原真菌,可以侵染至少408种植物。核盘菌主要以菌核形式越冬越夏,抗逆性极强,可以在土壤中存活多年,在整个病害循环中发挥了重要作用,因此研究核盘菌菌核形成和致病的分子机理对于菌核病的防控意义重大。
   本研究是在核盘菌数字表达谱(DGE)的基础上,结合生物信息学的方法筛选到一个跟菌核形成和致病均相关的G蛋白偶联受体样基因SOP1,利用基因沉默技术对SOP1基因的功能进行了初步研究,研究结果如下:⑴以网上公布的核盘菌基因组序列和本实验室已有的核盘菌数字表达谱为基础,结合生物信息学的方法,筛选到一个在菌核形成和致病阶段表达量均显著上升的基因SOP1(SS1G_01614),该基因开放阅读框全长1058bp,含有三个外显子,两个内含子,其cDNA长942bp,编码313个氨基酸,实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术表明该基因在菌核形成初期和后期的表达量均显著上升。说明该基因在核盘菌菌核形成和致病阶段发挥着一定的作用。在线预测显示该蛋白含有7个α跨膜螺旋,并具有一个保守的细菌视蛋白结构域。系统发育分析表明该基因的同源基因只存在于部分古菌、细菌、蓝藻和一些真菌中,目前在高等植物和动物中还没有发现。⑵构建了该基因的沉默载体,通过农杆菌介导遗传转化出发菌株Ep-1PNA367的方法获得了沉默转化子,实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测结果显示,与出发菌株相比,SOP1基因在大部分沉默转化子中的表达量显著下降。⑶生物学性状研究结果表明SOP1基因与核盘菌菌丝生长、菌核形成以及致病等方面均存在一定的相关性。逆境测试结果表明,SOP1基因与维持核盘菌细胞壁和细胞膜的完整性、氧化耐力以及抗药性相关。本研究初步证实了SOP1基因在菌丝生长、菌核形成、致病以及维持核盘菌细胞壁和细胞膜的完整性等方面的作用。
摘要:核盘菌(Sclerotinia sclerotiorum)是重要植物病原真菌,该病原菌引起的菌核病是油菜和大豆等多种作物的首要病害.G蛋白偶联受体是一类含有7个跨膜α螺旋的膜蛋白受体,它能够感受外界环境中的各种刺激,并激活细胞内的一系列信号通路,最终引起细胞状态的改变.细胞信号转导在核盘菌的致病和菌核形成过程中起着重要作用,核盘菌的致病过程需要适宜的外界环境条件,其菌核的发育也受到温度、光照、pH值、活性氧(ROS)、O2、CO2和机械因素等多种环境因素的影响.但是这些环境因素是怎样通过受体传递到胞内以及核盘菌是如何感知ROS从而影响其自身发育和致病过程的机制尚不清楚.
摘要:核盘菌(Sclerotinia sclerotiorum)是重要植物病原真菌,由该病原菌引起的菌核病是油菜和大豆等多种作物上的重要病害。核盘菌为死体营养性的非专性寄生菌,其菌丝侵入到寄主组织后,直接杀死寄主细胞。一般认为核盘菌分泌的草酸(Oxalic acid,OA)和细胞壁降解酶类(Cell-wall-degrading enzymes,CWDEs)在其菌丝侵入和定殖过程中起主要作用。
摘要:核盘菌是重要的植物病原真菌,在我国由该病原菌引起的菌核病是油菜上的首要病害。一般认为核盘菌分泌的草酸和细胞壁降解酶类在其菌丝侵入和定殖过程中起主要作用。为了进一步明确核盘菌的致病机理,利用Solexa测序技术获得了核盘菌在菌丝生长过程和致病诱导等条件下的数字表达谱,从数字表达谱差异表达基因中筛选出一批可能和核盘菌致病相关的基因,对SS1T-14127, SS1T-02068和SS1T-12040三个基因进行了研究,三者在致病过程中的表达量分别是菌丝生长阶段的59.5倍、72.9倍和853.8倍。挑选部分待定转化子进行将表达量下降的转化子进行致病力测定,发现其致病力均显著降低。初步分析表明,这3个基因与草酸产生途径和细胞壁降解酶类并无联系,可能为新型的致病因子。利用荧光定量PCR技术对这3个基因1-9d的表达量(20℃,PDA)进行了检测,发现SS1T-14127, SS1T-02068和SS1T-1204。分别在菌核形成初期、后期和菌丝生长阶段表达量最高。生物学特性分析表明3个基因的大部分沉默转化子的菌落形态略有差异,生长速度略微减慢,菌丝尖端形态无显著差异。
  (已选择0条) 清除
公   告

北京万方数据股份有限公司在天猫、京东开具唯一官方授权的直营店铺:

1、天猫--万方数据教育专营店

2、京东--万方数据官方旗舰店

敬请广大用户关注、支持!查看详情

手机版

万方数据知识服务平台 扫码关注微信公众号

万方选题

学术圈
实名学术社交
订阅
收藏
快速查看收藏过的文献
客服
服务
回到
顶部