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摘要:目的:本研究利用线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因(CO1)的一段保守区域作为DNA条形码技术的研究序列,探讨DNA条形码技术对中缅树鼩隆安种群和昆明种群进行分类鉴定的可行性.方法:对22只广西隆安树鼩和21只昆明树鼩样本的CO1基因进行PCR扩增、测序,应用MEGA V5软件对序列进行比对及分析其遗传距离,采用NJ法构建系统发育树.结果:中缅树鼩种群中,隆安种群、昆明种群和海南亚种的种内遗传距离为0.00%-0.79%,种群间遗传距离为9.71%-13.59%,中缅树鼩与普通树鼩的种间遗传距离为20.43%-24.11%,存在条形码间隔.系统发育树显示:隆安种群、昆明种群及海南亚种分别聚为一小支,分支置信度高达100%.结论:本研究结果表明DNA条形码技术有助于树鼩种群和亚种的分类鉴定,经CO1基因的测序分析证实广西隆安树鼩和昆明树鼩分属不同的种群.
摘要:目的:比较分析我国广西、云南两个树鼩群体的遗传差异和分化程度,推动树鼩优良品系的培育和优化实验动物模型。方法提取广西和云南各32只树鼩的全血基因组DNA,分别采用9对荧光标记微卫星引物进行PCR扩增,通过毛细管电泳技术检测扩增片段,并利用POPGENE等软件比较两个树鼩群体的遗传相关指标。结果广西和云南两个树鼩群体平均期望杂合度( He)为0?703,平均多态信息含量( PIC)为0?725,Fis均值>0。CCBL1B、CCDC61、EDA1和OPA3四个位点表现为极显著偏离哈迪?温伯格平衡。两群体的遗传距离及无偏遗传距离分别为1?277和1?268,遗传相似系数约为0?28。遗传结构变异的分布情况显示61?57%的微卫星遗传变异来自于群体内部,38?43%存在于群体之间。 STRUCTURE分析发现广西和云南树鼩为中缅树鼩群体的两个不同的亚种。结论广西和云南树鼩两个群体的遗传多样性都较丰富,两个群体间具有较大的遗传差异和分化程度,遗传变异主要来源于群体内部。
[硕士论文] 王谷洋
肿瘤学 广西医科大学 2017(学位年度)
摘要:目的:探讨应用DNA条形码标准序列对广西和云南树鼩群体进行分类鉴定的可行性,为树鼩种群的分类鉴别提供一个标准化的分子分类模式,也为后续建立高感染率的树鼩肝炎模型和培育优良品系提供可靠的遗传背景信息。
  方法:提取广西隆安和云南昆明树鼩种群共43只动物的全血基因组DNA,采用CO1基因作为条形码标记基因进行PCR扩增、产物纯化测序,结合Genbank数据库中下载的树鼩序列片段(海南亚种和普通树鼩),并通过MEGA等多种生物学软件来统计这4个树鼩种群的遗传学指标,如序列的长度、碱基组成、单倍型、保守位点、变异位点、简约信息位点、碱基替换、转换数与颠换数等,计算树鼩种群的种内遗传距离和种群之间的遗传距离,构建树鼩种群系统发育树进一步验证树鼩群体间的遗传差异。
  结果:1、PCR扩增和测序获得长度为638bp的CO1基因序列,无碱基插入或缺失,A、T、C、G四种碱基的平均含量分别占比为25.1%、29.3%、27.1%、18.5%,碱基A+T的平均含量明显高于碱基C+G的平均含量,有明显的A+T碱基偏倚现象,符合脊椎动物mtDNA碱基组成的特点。
  2、本实验树鼩种群归属于10个单倍型,其中隆安种群、昆明种群及海南亚种占9个单倍型,所有序列检测到保守位点470个,变异位点共168个,简约信息位点97个,碱基对转换数为31,颠换数为7,表明我国树鼩种群分化较多,种群资源丰富,具有遗传多样性。
  3、本研究的3个树鼩种群(隆安树鼩、昆明树鼩和海南亚种)种内遗传距离范围为0.00%-0.79%,中缅树鼩3个种群间的遗传距离在9.71%-13.59%之间,而它们与普通树鼩之间的遗传距离范围为20.43%-24.11%,种内遗传距离与种间遗传距离没有重叠区,存在明显的条形码间隔,表明DNA条形码能很好的鉴别不同地理类群的树鼩。
  4、系统发育树显示树鼩种群个体聚集趋势明显,同种不同个体分支长度较短,不同种群之间分支较长,同种不同个体都是先聚集到本种群的分支中,再与其它树鼩种群的支系聚集,证实了广西隆安树鼩与云南昆明树鼩是中缅树鼩的两个不同亚种群。
  结论:基于线粒体CO1基因的DNA条形码技术能有效用于树鼩种群的分类鉴定,本研究通过分析条形码在广西隆安树鼩和云南昆明树鼩的遗传差异证实了这两个群体为中缅树鼩的两个不同亚种群。
摘要:选取10个微卫星位点,结合荧光标记(FAM) PCR扩增技术,运用毛细管电泳检测扩增产物,利用Microsatellite Toolkit、PopGene软件计算遗传相关指标,探讨广西树鼩群体的遗传多态性.结果发现,在10个微卫星基因座中,共检测到64个等位基因,平均等位基因数为6.4个,平均有效等位基因数为3.7892,平均观察杂合度和平均期望杂合度为0.6156和0.6963,平均多态信息含量为0.6367,其中7个是高度多态位点,3个属中度多态位点.此外,在10个微卫星基因座中,有5个位点偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.01).结果表明广西树鼩遗传多态性较丰富,所选微卫星位点基本可用于评估广西树鼩群体遗传多样性.
摘要:目的:探究微小染色体维持蛋白7(minichromosome maintenance protein 7,MCM7)基因在调节肝癌细胞生长的相关机制.方法:通过siRNA干扰技术沉默人肝癌SMMC-7721细胞中的MCM7基因表达,采用人全基因组表达谱芯片,筛查MCM7沈默后差异表达基因,进行生物信息学分析,并对部分差异表达基因进行蛋白免疫印迹法(Western blot)验证.结果:芯片筛选出在人肝癌SMMC-7721细胞中沉默MCM7基因后差异表达基因1010个,其中上调基因391个,下调基因619个.这些基因主要涉及生物大分子代谢、细胞周期调控、细胞增殖、细胞凋亡等方面,参与胞吞、肿瘤相关通路、P53信号通路、mTOR信号通路等通路的改变.Western blot对部分差异基因表达验证的结果显示CCNDl、SKP2和JUP蛋白表达均下调,与芯片检测结果一致.结论:应用人基因表达谱芯片,成功筛选出沉默MCM7基因后人肝癌细胞SMMC-7721差异表达基因,为探究MCM7基因影响肝癌细胞生长提供了有效线索.
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