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摘要:目的 调查云南家鼠鼠疫疫源地指示动物中是否携带鼠疫噬菌体,并探讨其流行病学意义.方法 2015年11月至2018年3月,在云南鼠疫疫源地10个市(县、区)的26个乡镇,对41个村指示动物犬或猫进行肛拭子标本采集.以鼠疫疫苗株EV76为饲养菌,采用双层平板法分离鼠疫噬菌体,并对鼠疫疫源地鼠疫噬菌体的分离情况、不同犬类或猫的鼠疫噬菌体分离情况、噬菌体的噬菌斑多态性及鼠疫噬菌体宿主谱裂解情况等进行分析.结果 共采集1 014只指示动物,其中犬1 003只,猫11只,分离获得102株鼠疫噬菌体;10个市(县、区)中只有澜沧县未分离到鼠疫噬菌体,其余9个市(县、区)均分离到了鼠疫噬菌体,分离率自高到低分别为宜良县(21.00%,21/100)、勐海县(19.23%,25/130)、元江县(11.63%,10/86)、弥渡县(11.50%,13/113)、文山市(10.10%,10/99)、弥勒市(7.07%,7/99)、梁河县(6.67%,7/105)、保山隆阳区(4.90%,5/102)及耿马县(3.81%,4/105).102株鼠疫噬菌体中,有75株分离自土狗(中华田园犬),分离率为9.32%(75/805);20株分离自哈巴狗,分离率为13.70%(20/146);5株分离自狼犬,分离率为17.24%(5/29);1株分离自萨摩耶犬,分离率为1/4;1株分离自阿拉斯加犬,分离率为1/2.鼠疫噬菌体的噬斑出现完全裂解(背景清晰、透亮)、特大(2.5~ 4.0 mm)、大(1.5~<2.5 mm)、中(0.5~<1.5 mm)及小(<0.5 mm)5种噬斑;代表性噬菌体皆为肌尾噬菌体,大都能裂解鼠疫菌且部分噬菌体可裂解索氏志贺菌及5型假结核耶尔森菌(PST5).结论 云南家鼠鼠疫疫源地指示动物中存在鼠疫噬菌体,且分离的鼠疫噬菌体具有多态性....
摘要:本研究根据鼠疫耶尔森氏菌caf1及YPO0392基因,设计特异性的引物和不同荧光标记的TaqMan荧光探针,构建一体系的检测体系,对其敏感性、特异性和稳定性进行评价,并对8份鼠疫阳性及24份阴性DNA样本进行应用评价.结果 显示,一体系双重检测鼠疫DNA的敏感度为17.93×104 ng/μL;19份鼠疫菌DNA都有扩增,25份非鼠疫菌DNA都未扩增;对8份阳性现场DNA样本进行检测,一体系检测结果均为阳性;对24份阴性DNA样本进行检测,结果均为阴性.结果 表明,本研究成功建立了可同时检测鼠疫耶尔森氏菌caf1和YPO0392基因的一体系双重荧光定量PCR方法,具有良好的敏感性与特异性,操作方便并节约成本,能够代替单基因检测方法....
摘要:目的 研究蜡样芽胞杆菌毒力基因在不同标本中的分布特征.方法 分离自环境监测标本(米粉、奶粉、土壤)和疾病相关标本(米饭、凉皮、眼内炎和肿瘤患者)的蜡样杆菌333株,PCR扩增蜡样杆菌11个毒力基因,包括溶血性BL基因(hblC、hblD、hblA、hblB)、非溶血性基因(nheA、nheB、nheC)、肠毒素FM基因和T基因(entFM、bceT)、细胞毒素K基因(cytK)和呕吐毒素相关基因(ces),统计不同标本菌株中毒力基因的携带数目和各毒力基因的携带率,方差分析和卡方检验比较毒力基因在不同标本中,尤其是在疾病相关标本与环境监测标本中的携带差异.结果 研究菌株携带毒力基因平均数目为5.97个,88.29%的菌株携带至少3个毒力基因,12.31%的菌株携带除ces外的所有基因.标本携带毒力基因数目从高到低依次为患者(8.75)、凉皮(8.20)、米饭(7.13)、土壤(6.22)、米粉(5.78)和奶粉(5.71).患者、凉皮分别与奶粉的基因数目两两比较有统计学差异显著性.菌株各毒力基因的携带率从高到低依次为非溶血性基因(89.19%)、entFM基因(79.88%)、bceT基因(49.85%)、溶血性BL基因(48.35%)、ctyK基因(47.75%)和ces基因(1.50%).溶血性基因在疾病相关标本中的携带率比环境监测标本高(x2 =8.230,P<0.01),其余基因携带率则在两类标本中无统计学差异.环境监测标本中,土壤的溶血性基因携带率高于米粉和奶粉(x2=15.071,P<0.01),非溶血性基因和entFM基因的携带率则低于后两者,检验值分别为(x2=9.603,P<0.05)和(x2=21.634,P<0.01).结论 蜡样杆菌毒力基因在不同标本中的分布,尤其是毒力基因数目和溶血性基因在疾病相关标本中较高的携带特点,为研究蜡样杆菌的致病性提供了一定的参考依据,具有一定的临床意义....
摘要:目的 观察云南玉龙鼠疫菌株D106004和青藏高原鼠疫菌株Z176003在基因组上的差异及遗传学特征.方法 应用BLAST软件,将鼠疫D106004和Z176003菌株编码序列(CDS)进行差异比对.选取22个差异CDS,设计相应引物22对,在来源不同(青藏高原喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地和云南齐氏姬鼠、大绒鼠鼠疫自然疫源地)、时间跨度约50年、分布地区包括西藏、青海、四川、甘肃、云南的6种生态型119株鼠疫代表性菌株进行PCR扩增,并将PCR产物测序验证.菌株均来自中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室.结果 119株鼠疫代表性菌株的22个差异CDS,PCR扩增产物实际测序结果累计序列长度为2.13×106 bp;差异CDS在云南玉龙D106004与青藏高原Z176003菌株所属疫源地内119株鼠疫代表性菌株中同源性较高,78.2%(2047/2618)序列不存在差异,21.8%(571/2618)序列上存在缺失、错义、移码3类基因突变差异.差异特征在疫源地6种生态型鼠疫菌株中稳定存在,呈现6种不同的地理分布.结论 云南玉龙D106004和青藏高原Z176003菌株,二者同源性较高,亲缘关系相近,基因组上存在的差异较小,但不同生态型菌株的遗传性特征稳定存在....
摘要:为建立一种能快速鉴定炭疽杆菌的检测技术,本研究根据炭疽杆菌染色体上的TJHP和BA53452个靶点,分别设计4对引物和2个探针,对10份已知浓度的炭疽杆菌DNA和阴性对照菌株DNA进行检测,将浓度最大的炭疽杆菌DNA进行10倍倍比稀释,用于检测4对引物及其探针的灵敏度,并选出2个针对TJHP和BA5345靶点的特异性强及灵敏度高的引物和探针进行重复性实验.结果显示,4对引物及其探针特异性较强,FP2/RP2和FP4/RP42对引物的灵敏度为4.513×10-5 ng/μL;该荧光定量PCR方法重复性好(t=1.178,P=0.332).FP2/RP2和FP4/RP42对引物及其探针可用于炭疽杆菌感染初期的快速筛查以及临床辅助诊断....
摘要:目的 建立隐孢子虫感染率预测模型,预测广西壮族自治区(广西)宾阳县农村居民隐孢子虫感染率,为制定防控措施提供参考依据. 方法 2014、2016、2017和2018年分别采用分层整群随机抽样的方法抽取宾阳县农村居民,收集符合条件居民的粪样进行隐孢子虫免疫试纸条检测,获得该县各年农村居民隐孢子虫感染率.根据宾阳县2014、2016、2017和2018年隐孢子虫感染率,建立非等间距灰色模型GM(1,1)以预测2019年和2020年该县农村居民隐孢子虫感染率.模型检验采用残差检验、关联度检验和后验差检验. 结果 广西宾阳县2014、2016、2017和2018年农村居民隐孢子虫感染率分别为2.9% (57/2 000)、1.5% (15/1 030)、1.1%(11/1 027)和0.6% (6/1 004).隐孢子虫感染率预测模型为:(X)(0)(ki+1)=-6.839 5/△ki+1(1-e0.289 1△ki+1)e-0.289 1△ki+1.应用该模型获得2014、2016、2017和2018年宾阳县农村居民隐孢子虫感染率的拟合值分别为2.9%、1.5%、1.0%和0.7%,预测模型的绝对误差分别为0.000 0、-0.001 6、0.136 8和-0.121 4,相对误差分别为0.000 0、0.001 1、0.124 4和0.202 3.关联度r=0.667 7,后验方差比C=0.106 8,后验概率P=1.00.2019和2020年宾阳县农村居民隐孢子虫感染率的预测值分别为0.5%和0.4%. 结论 建立了隐孢子虫感染率的非等间距灰色模型GM(1,1),该模型预测精度较高,拟合效果较好.预测宾阳县农村居民隐孢子虫感染率呈下降趋势....
摘要:目的 查明鹤庆新发野鼠鼠疫疫源地内是否存在鼠疫噬菌体,并对所离分鼠疫噬菌体进行形态鉴定及噬菌谱分析.方法 以鹤庆县马厂村为核心,选择5 km范围内的自然村为采样点,采用鼠铗法进行捕鼠,实验室中取鼠盲肠置入改良PBS中,采用双层平皿对样本进行筛选、纯化得到噬菌体,观察噬菌斑形态,电镜检查噬菌体形态,并在22℃、24℃、28℃及37℃对21株鼠疫菌与115株非鼠疫菌进行裂解特性分析.结果 采集的354份标本,分离到2株鼠疫噬菌体;2株噬菌体在高于24℃温度下可裂解鼠疫菌,低于24℃不能裂解鼠疫菌,而非鼠疫菌在4个温度下均不裂解;电镜形态检测2株噬菌体均属于肌尾噬菌体.结论 鹤庆新发野鼠疫疫源地内存在着鼠疫噬菌体,且所分鼠疫噬菌体只有在高于24℃时才裂解鼠疫菌,此特性与鼠疫菌在鹤庆县的长期存在相关,且两株噬菌体存在裂解谱较窄,特异性良好,可用于备用诊断噬菌体的筛选株....
摘要:目的 调查剑川野鼠鼠疫疫源地宿主动物中是否携带鼠疫噬菌体,并探讨其流行病学意义.方法 2017年1-6月采集剑川野鼠鼠疫疫源地4个曾流行过鼠疫乡镇6个自然村的鼠类标本,以鼠疫疫苗株EV76为饲养菌,采用双层平板法分离鼠疫噬菌体,并对分离结果进行流行病学分析,同时挑取部分噬菌体进行电镜扫描.结果 共获得641份标本(齐氏姬鼠334只,大绒鼠236只,其余71只),分离到9株鼠疫噬菌体,总分离率1.40%;有4个疫点(白山母村、石龙村、新松村、大庆村)分离到了鼠疫噬菌体,另外2个点(长乐村、西门社区)未分到鼠疫噬菌体;9株鼠疫噬菌体中,8株分离自齐氏姬鼠,1株自大绒鼠;初次分离这些鼠疫噬菌体时,其噬斑在双层平板上表现为大(直径~2.0 mm)、中(~1.0 mm)及小<0.5 mm)3种噬斑;4株有代表性噬菌体皆为肌尾病毒科噬菌体.结论 剑川野鼠鼠疫疫源地中普遍存在鼠疫噬菌体,齐氏姬鼠是主要的携带宿主,所分鼠疫噬菌体为肌尾病毒科噬菌体且具有多态性,值得进一步研究....
摘要:目的 对四川省新龙县分离的鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)开展差异区段(DFR)分型研究,为鼠疫研究提供科学依据.方法 选取新龙县和其他5个鼠疫县分离的鼠疫菌16株,按鼠疫菌DFR分型方法,使用23个DFR和pMT1的扩增引物,对被试菌株DNA进行PCR扩增,采用BioNumerics 6.6软件进行分型,确定新龙县鼠疫菌DFR基因型.结果 石渠县鼠疫菌菌株聚为第1类,为Genomovar14型;新龙县鼠疫菌DFR基因型与德格、巴塘、理塘、雅江县相同,聚为第2类,均为Genomovar05型.结论 新龙县分离到的鼠疫菌基因型为Genomovar05型,新龙县鼠疫自然疫源地属于青藏高原喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地的一部分....
摘要:目的 了解四川省的蚊、蠓以及相关虫媒病毒种类及分布.方法 在自然界使用灯诱法采集吸血昆虫标本,形态学分类后分装,液氮保存备用.蚊虫、蠓虫研磨上清液接种BHK-21细胞和C6/36细胞进行病毒分离和病毒基因检测.使用BioEdit 7.0.5.3、MEGA 6.0等软件对病毒序列进行分子生物学特征分析.结果 2016-2017年在四川省东南部3个县的7个自然村共采集到3属4种蚊虫17 019只,蠓虫12 700只.三带喙库蚊占蚊虫采集总数的79.4%(13 519/17 019),其次为骚扰阿蚊(11.1%,1 897/17 019),致倦库蚊占采集蚊虫标本总数的5.5%(930/17 019);中华按蚊最少(4.0%,673/17 019).蚊虫标本接种组织细胞后,在合江县采集的三带喙库蚊标本获得3株可以稳定传代的病毒分离株,经分子生物学实验鉴定为基因Ⅰ型流行性乙型脑炎(乙脑)病毒,在合江县采集的7批蚊虫中检测到乙脑病毒基因阳性.蠓虫标本接种细胞后未获得病毒分离物,在合江县采集的4批蠓虫标本经分子生物学检测,显示阿卡斑病毒基因阳性.结论 三带喙库蚊是四川省东南部3县的优势蚊种,四川省东南部存在经蚊虫传播的乙脑病毒及以蠓虫为媒介的阿卡斑病毒....
摘要:目的 对四川省鼠疫耶尔森菌(Yersinia pestis)做规律成簇的间隔短回文重复序列(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats CRSIPR)基因分型和地区分布研究,为四川鼠疫防治提供科学依据.方法 对132株鼠疫菌培养和提取核酸,应用3对CRISPR引物对被试菌株DNA进行PCR扩增、测序和分析,确定四川省鼠疫菌的CRSIPR基因型.结果 132株鼠疫菌共发现17种spacer,包括YPa 9种、YPb 5种、YPc 3种,新发现的1种space阵列.所有鼠疫菌株被分为2个CRISPR基因簇(Cc3',Ca7),3个基因型(37'型、22型和sc01型).其中石渠县青海田鼠型菌株基因型为37'型,石渠县人间鼠疫的菌株为22型,德格县旱獭型菌株基因型为22型,巴塘县、理塘县、雅江县和新龙县旱獭菌株基因型为sc01型.结论 四川省鼠疫菌菌株具有明显的地区分布特征....
摘要:目的 了解2017年云南省鹤庆县新分离的鼠疫菌的基因分型,为该地的鼠疫防控提供科学依据.方法 采用差异片段(DFR)、规律成簇的间隔短回文重复序列(CRISPRs)和多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)3种方法对10株鹤庆县新分离鼠疫菌进行分型,并将10株鼠疫菌及邻近疫源地鼠疫菌株93株纳入聚类分析.结果 鹤庆鼠疫菌株与丽江鼠疫疫源地菌株具有相同的DFR型(Genomovar 05型)及CRISPRs型(Ca7簇,22型),在MLVA聚类分析中,鹤庆鼠疫菌株与丽江野鼠鼠疫菌株位于同一个簇,两者之间仅有2个位点(N2117,M23)的差异.结论 2017年云南省鹤庆鼠疫菌株与丽江野鼠鼠疫疫源地菌株具有很高的同源性,鹤庆县疫情可能是丽江鼠疫进一步向南扩散的结果....
摘要:目的 查明行业标准推荐caf1基因引物(简称行标caf1引物)进行PCR检测时,在一些非鼠疫菌上出现非特异性条带的原因,并提出解决办法.方法 共选取112株菌进行试验,其中鼠疫菌40株、非鼠疫菌72株;提取菌株DNA,并对caf1基因进行PCR扩增;选择出现非特异性条带的7株菌株,进行切胶回收、纯化以及TA克隆测序;针对caf1基因重新设计引物,对被试菌株进行验证.结果 使用行标caf1引物扩增40株鼠疫菌,均未出现非特异性条带,扩增72株非鼠疫菌,有58株扩增出400、500、600、700、800、900、1000 bp的非特异性条带.经克隆和测序,在非特异性产物的基因序列中均出现行标caf1引物的反向引物序列及反向引物的反向互补序列.重新设计caf1引物,扩增72株非鼠疫菌,均未出现非特异性条带.结论 行标caf1引物在筛查鼠疫菌时会出现非特异性条带,使用新caf1引物可有效避免这一情况,提高检测的准确性....
摘要:目的 对海南1例类鼻疽患者进行感染溯源调查,为类鼻疽防控提供科学依据.方法 采集患者住所周边环境中的泥土、水等样品并进行类鼻疽病原菌分离.通过细菌学试验、16 S rDNA测序、特异诊断PCR等方法对疑似菌株进一步鉴定.通过脉冲场凝胶电泳(PFGE)、多位点序列分型(MLST)、多位点可变数串联重复序列分析(MLVA_4)等技术比较并确定环境分离菌株与临床菌株的同源性.结果 采集的58份环境样品中,自患者及邻居家水井水中共分离出3株类鼻疽伯克霍尔德菌(简称类鼻疽伯克菌).PFGE、MLST、MLVA等分子分型结果证实,1株自患者家井水中分离的类鼻疽伯克菌与患者临床分离株同源.结论 患者及其邻居家水井均被类鼻疽伯克菌污染,水井水很可能是该患者感染类鼻疽病的感染源....
摘要:目的 了解南京市肾综合征出血热(HFRS)流行病学特征,为制定有效的防控策略和措施提供科学依据.方法 采用描述流行病学方法,分析2011-2016年南京市报告的HFRS病例流行特征,以及病例临床特征和可疑暴露信息等.结果 2011-2016年南京市共报告HFRS确诊病例194例,年均32例(19 ~ 45例),年均报告发病率为0.39/10万(0.23/10万~0.55/10万).季节上呈现双峰分布,春季(3~6月)峰值高于冬季峰(12月~次年1月).男性多于女性,病例年龄中位数为48岁(12~82岁),农民占57%.高淳区报告病例数占全市的45% (87/194),年均报告发病率为3.4/10万(1.9/10万~4.8/10万).发病存在空间正相关(Moran's I=0.17,P<0.05),高淳区(2012年4月1日-2015年3月31日)和江宁区(2013年1月1日-2013年5月31日)存在时空聚集.病例多具有发热、“三痛”,“三红”等较典型症状或体征,但有明确暴露史者比例极低.结论 南京市HFRS发病平稳,应根据流行特征在重点地区和人群开展综合防控措施....
摘要:目的 研究青藏高原喜马拉雅鼠疫疫源地那曲和比如地区鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)菌株的分子分型特征,确定具有该分型特征的鼠疫菌在青藏高原鼠疫疫源地的分布情况.方法 应用板块重排、差异区段分析、间区规律短回文重复、多位点可变数目串联重复序列分析方法对分离自青藏高原地区、四川省、云南省的98株鼠疫菌进行分析.结果 那曲和比如地区的鼠疫菌菌株中第57~60板块的排列方式与测序菌株Z176003一致,在其他实验菌株中未发现该重排特征.结论 分离自那曲和比如的鼠疫菌菌株具有独特的分子分型特征,该特征在本地区的菌株中普遍存在,且菌株多态性持续分化....
摘要:目的 了解南京市发热伴血小板减少综合征(SFTS)的流行病学特征,为制定有效的防控策略和措施提供科学依据.方法 采用描述流行病学方法,分析2010-2016年南京市报告的SFTS病例时间、人群、地区分布特征和报病医疗机构分布等,并将2016年流行特征与2010-2015年进行比较.结果 2010-2016年南京市共报告SFTS确诊病例70例,年均10例(2~30例),年均报告发病率为0.14/10万(0.05/10万~0.36/10万).4-11月有病例报告,5-7月是主要发病高峰(63%).男性占56%,病例年龄中位数为60岁(26~ 82岁),男女年龄分布位置相同(P=0.82);病例以农民为主(63%),其次是家务及待业(20%).报告病例数前三位地区为溧水区(39%)、江宁区(19%)、浦口区(14%),共占报告病例数的71%.2010年报告一起家庭聚集性疫情,发现3例病例,血液、分泌物或排泄物可能是重要传播因子.全市共有9家机构报告SFTS病例,其中3家三级综合性医疗机构报告了全市84%的病例,病例发病至诊断时间间隔中位数为10d(0~ 30d).结论 2016年南京市报告SFTS病例显著增加,流行特征与2010-2015年一致,应进一步采取综合措施防控SFTS....
摘要:目的 了解新疆维吾尔自治区(新疆)鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)规律聚集的间隔短回文重复(CRISPR)位点的遗传多态性,对菌株进行基因分型.方法 利用PCR技术对分离自新疆的58株鼠疫菌的基因组DNA进行扩增,测定扩增产物的核酸序列,分析各菌株CRISPR位点的间区序列种类和排列情况,应用Bionumerics软件制作聚类图,确定菌株基因型.结果 共鉴定42个间区序列和23种间区序列阵列,58株鼠疫菌分为16个基因型,即基因3型、8型、11型和16型,主要分布在新疆乌恰县、和田地区、尼勒克和玛纳斯县;基因7型的鼠疫菌全部分离自新疆准噶尔盆地大沙鼠及其体表寄生蚤;其他型别的鼠疫菌则主要分布在新疆北天山和准噶尔盆地.结论 新疆地区的鼠疫菌CRISPR位点遗传多态性较高,不同基因型的鼠疫菌地理分布有明显的区域性特征....
摘要:目的 研究海南省类鼻疽伯克霍尔德菌核糖体16S-23S内转录间隔区(ITS)序列多态性及基因型特征,了解该省与其他类鼻疽流行区菌株间的遗传背景差异.方法 PCR扩增272株类鼻疽伯克菌的ITS片段并通过毛细管凝胶电泳检测产物长度;通过DNA测序及序列比对确认不同长度ITS的基因型及序列一致性;通过x2检验分析不同流行区ITS型别的分布差异.结果 经毛细管凝胶电泳及DNA测序确认,272株类鼻疽伯克菌中发现C、E、CE、G4种ITS基因型:C型64株(23.53%),E型144株(52.94%),CE型56株(20.59%),G型8株(2.94%).序列比对证实,海南省类鼻疽伯克菌中各型别(C、E、G) ITS序列高度保守,不同型别ITS的长度变化由其主要变异区的序列差异引起.我国海南省与泰国流行区的ITS型别分布差异有统计学意义(x2=8.296,P<0.05),与澳大利亚流行区分布差异无统计学意义(x2 =5.521,P>0.05).结论 海南省类鼻疽伯克菌临床菌株中存在C、E、CE、G4种ITS基因型,C、E、CE为优势型别;与泰国、澳大利亚等传统流行区相比,其G型菌株比例较高....
摘要:目的 对甘肃省鼠疫菌株进行基因分型,分析不同生态型鼠疫菌株在不同行政地区、不同时间的流行趋势.方法 运用规律成簇的间隔短回文重复序列(CRISPR)对甘肃省甘宁黄鼠型(9株)、阿尔金型(18株)、祁连型(45株)及青藏型鼠疫菌株(121株)进行分型及遗传进化关系分析,分型按国际通用标准命名.并探讨甘肃省不同行政地区和不同流行时间CRISPR基因分型的变化情况.结果 甘肃省鼠疫菌株被分为2个CRISPR基因簇(Ca7和Cb4),4个基因型(7、22、24及26型).从来源地看,阿克塞、肃北、玉门、肃南均以24型[36.36% (16/44)、36.17%(17/47)、50.00%(5/10)、38.67%(29/75)]为主基因型,夏河、会宁均以26型(4/7)为主基因型,山丹以22型(1/1)为主基因型.从时间上看,甘肃省1960-1969、1970-1979、1980-1989年鼠疫菌均以26型[53.33%(8/15)、60.00%(6/10)、48.28%(14/29)]为主基因型,1990-1999年以22型[40.91%(18/44)]为主基因型,2000-2009年以24型[43.16%(41/95)]为主基因型.结论 甘肃省鼠疫菌基因型在不同行政地区、不同时间流行趋势不同....
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