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摘要:[目的]BTN1基因位于MHC家族的BF/BL核心区域,研究其SNPs和InDels对提高鸡抗病性有重要意义.[方法]以NCBI中Gallus gallus BTN1基因序列为参照,利用MEGA6.06软件对26个品种鸡的BTN1基因序列比较分析,筛选出与抗病性有关的InDels、SNPs和氨基酸变化,并对26个品种鸡的BTN1基因序列进行聚类分析.[结果]在Exon5和Exon17上各有1个SNPs位点,且为错义突变.SNPs位点主要发生在Intron10、In-tron13、Intron18、Intron22和Intron23上.'雪山草鸡'和'安卡红鸡'等抗病性强、适应性强的品种鸡在Exon17上发生错义突变;与抗病性较强的'安卡红鸡'相比,'来航鸡'在Exon5上存在一个错义突变.[结论]BTN1的Exon5和Exon17上SNPs位点对抗病性具有一定的影响,为家禽的抗病育种研究提供参考依据....
摘要:试验旨在研究不同脂肪酸制剂对2~3月龄湖羊生长性能、养分表观消化率和瘤胃发酵的影响.选取24只7周龄身体健康、体重相近的湖羊随机分成3组(n=8),分别饲喂在基础日粮中添加1%脂肪酸钙(对照组)、1%丙酸制剂(丙酸组)以及1%丁酸制剂(丁酸组)的试验日粮,预试期7d,正试期28 d.结果表明,试验第2、4周各组干物质采食量、平均日增重和料肉比差异都不显著(P>0.05),且各组中性洗涤纤维(NDF)、酸性洗涤纤维(ADF)、粗蛋白质(CP)等养分表观消化率差异也不显著(P>0.05).瘤胃发酵指标中,第2周丁酸组和对照组瘤胃液氨氮(NH3-N)浓度均显著高于丙酸组(P<0.05);第2、4周瘤胃液中微生物蛋白(MCP)含量数值上均是丁酸组>对照组>丙酸组,且第4周丁酸组MCP显著高于丙酸组(P<0.05).综上可见,丙酸制剂和丁酸制剂对2~3月龄湖羊生长性能与养分表观消化率都没有显著提高,而丁酸制剂对瘤胃发酵有较好的促进效果....
摘要:BNK(C-type lectin-like receptor 2)基因为C型凝结素受体基因中的抑制性基因,与禽类先天免疫性能关系密切.本研究以NCBI中Gallus gallus BNK基因序列为参考,利用MEGA6软件对24个鸡品种的BNK基因进行序列比较分析,筛选出外显子和内含子上的SNPs位点、Indels以及氨基酸变化,并对24个鸡品种进行系统聚类.研究发现,SNPs位点大多发生在Exon3、Exon5和Exon6上,且多为错义突变.内含子上的SNPs位点大多发生在Intron1、Intron2和Intron4上.插入缺失发生在Intron2、Intron4和Exon5上,并且大多数品种Indels序列基本一致,国内外鸡品种之间并无显著差异.系统聚类分析将这些鸡品种分为3类,狼山鸡、罗斯鸡、隐性白羽肉鸡、茶花鸡和如皋黄鸡为一类;其次,雪山鸡、安卡鸡、斗鸡和萧山鸡聚为一类;固始鸡单独为一类,表明固始鸡的BNK基因为单独起源.综上表明,BNK基因在我国地方鸡品种中具有丰富的遗传多样性,与不同鸡品种的先天免疫性能存在关联,这为家禽的免疫遗传学和抗病育种提供了参考依据....
摘要:DMA(major histocompatibility complex,class Ⅱ,DM alpha)基因是鸡MHC Ⅱ类典型基因座,与免疫反应和抗病性密切相关.试验对25个不同鸡种的DMA基因序列进行目标捕获测序,以NCBI上Gallus gallus的DMA基因序列作为参考序列,通过MEGA6软件进行序列比对分析,筛选出不同鸡种DMA基因序列上的SNPs和Indels(insertion-deletion)位点以及氨基酸的变化,并根据基因序列的差异构建系统进化树,探究不同鸡种间的同源性.结果表明,DMA基因呈现出丰富的多态性,突变和缺失位点集中于外显子上,且多个鸡种在第2外显子发生多位碱基缺失,导致其氨基酸序列发生极大改变,可能是不同鸡种产生抗性差异的主要因素;同时进化树也显示,斗鸡、藏鸡等抗性较好的鸡种间有相近的亲缘关系,同源性较高.以上结果表明,DMA基因有丰富的遗传多样性,且与不同鸡种的先天免疫与抗病特性差异相关,第2外显子中94 496~94 552的Indels可以作为鸡免疫特性的候选标记....
摘要:为了探讨NLRC5启动子的潜在调控机制,将NLRC5基因启动子系列缺失片段插入到pGL3-basic载体,构建重组质粒,并转染DF1细胞系.通过双荧光素酶实验寻找核心调控区,然后用目标捕获测序检测27个鸡品种的NLRC5核心启动子区的SNPs,并利用TRANSFAC,JASPAR 和 MethPrimer预测该区域的转录因子结合位点和CpG岛.结果显示,NLRC5启动子有2个核心区域,分别是1-617和1448-2108.第一个核心区域内存在3个SNPs,其中SNP1影响转录因子Hic1的结合序列,但SNPs对CpG岛不产生影响,表明NLRC5基因的启动子区的调控可能受不同因素的影响,但SNPs并不在甲基化的水平上影响启动子的活性....
摘要:Brd2 (bromodomain containing protein2)基因位于MHC (major histocompatibility complex)基因家族中,探究不同鸡种Brd2基因的SNP和Indel位点具有重要意义.试验选取我国26个优良的地方鸡种,对Brd2基因进行目标捕获测序,以NCBI中原鸡(Gallus gallus)的Brd2基因序列为参照,筛选出Brd2基因外显子和内含子中的SNP和Indel以及氨基酸的改变位点,最后制作进化树.在26个鸡种中,Brd2基因的外显子筛选出25个SNP位点,没有检测到Indel位点;内含子筛选出30个Indel位点,没有筛选出SNP位点;外显子中氨基酸仅有4个发生错义突变,其余均发生同义突变.从进化树看出,26个鸡种分为3大类:安卡鸡、雪山草鸡、文昌鸡、北京油鸡和萧山鸡类聚在一起;秦和乌骨鸡、SPF-来航鸡、河南斗鸡和广西黄鸡类聚在一起;剩余的鸡种类聚在一起,但同源性相对较低.在我国优质鸡种中Brd2基因具有一定的保守性,不同鸡种同源性较低....
摘要:以雪山黄鸡为研究对象,测定其屠宰性能、皮肤厚度、毛孔密度、直径和肉品质相关指标.结果显示:背部与腹部在毛孔密度、直径与皮肤厚度存在显著差异(P<0.05),不同性别之间相同部位的毛孔密度、直径也存在显著差异(P<0.05).公鸡和母鸡的屠宰率差异不显著(P>0.05),但母鸡体重和胸肌率显著高于公鸡(P<0.05),而全净膛率和腿肌率显著低于公鸡(P<0.05).公、母鸡腿肌的剪切力、pH和脂肪含量显著高于胸肌(P<0.05),但同一部位仅有pH在公母之间存在显著差异(P<0.05).公、母鸡胸肌的失水率、蛋白含量显著高于腿肌(P<0.05),但相同部位在公母之间没有显著差异(P>0.05).表明雪山黄鸡羽毛密度紧凑、屠宰性能与肌肉品质良好,适于冰鲜鸡加工,有利于其在市场的推广....
摘要:鸡的MHC基因家族中B?G基因与鸡抗病性有关,通过研究与抗病有关的B?G基因的多态性可以从根本上提高鸡抵抗疾病的能力,进而为抗病育种奠定基础。试验对25个鸡种基因组DNA进行目标捕获测序,以NCBI中Gallus gallus的B?G基因序列为参考,利用MEGA6软件进行不同鸡种基因序列比对,分析B?G基因外显子和内含子中的SNPs和Indels以及氨基酸的变化,最后制作进化树。结果表明,25个鸡种中外显子存在8个SNPs、19个Indels,内含子有67个SNPs、327个Indels;同时氨基酸序列也呈现出相应的多态性,中国地方鸡种也表现出丰富的遗传多样性。来航鸡、仙居鸡、隐性白羽鸡的B?G基因存在丰富的多态性;来航鸡在进化树上单独为一类,藏鸡、文昌鸡由于地理位置因素也分别为单独一类;现代肉鸡中罗斯与隐性白羽鸡聚为一类;不同类型的中国地方鸡种间同源性较小。中国地方鸡种B?G基因存在多源性进化以及丰富的遗传多样性,进而产生抗病性差异。...
摘要:为了对市场上出售的冰鲜鸡进行新鲜度等级划分,研究利用生物发光法,快速检测屠宰后4、8、12、24、48、72 h的鸡胸、腿肉中ATP含量,并以此为标准将肉品新鲜度划分成不同等级.结果表明,鸡肉中ATP含量随屠宰后时间延长而不断下降,直至为零.其中,屠宰后12和24h有小幅波动,基本符合生物体ATP降解规律.根据屠宰后不同时间鸡肉中ATP含量,将1~4 h (ATP含量大于1.00× 10-8 mol/g)上市的鸡肉定为一级鲜品,4~24 h(ATP含量为1.00× 10-11~9.99× 10-8 mol/g)内的鸡肉定义为二级鲜品,24~72 h(ATP含量为1.00×10-12~9.99× 10-11 mol/g)内的鸡肉定为三级鲜品,72h以后(ATP含量小于1.00×10-12 mol/g)的鸡肉定为冻品....
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北大核心 CSTPCD CSCD CA
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摘要:本试验旨在研究巨大芽孢杆菌1259( BM1259)对产蛋鸡不同肠段微生物区系的影响.选用45周龄的健康新扬州蛋鸡128只,随机分为2组,对照组饲喂基础饲粮,试验组饲粮在基础饲粮添加2×106 CFU/g巨大芽孢杆菌1259. 预试期1周,正试期3周,在正试期的第1、2、3周末采集小肠及其盲肠内容物和新鲜粪样,荧光定量聚合酶链式反应( RT-PCR)检测样品中微生物的含量. 试验结果表明:1)小肠内容物中,第 2、3 周试验组沙门氏菌含量显著降低( P<0.05),第1、2周双歧杆菌含量显著提高(P<0.05),第2、3周巨大芽孢杆菌含量显著提高(P<0.05);2)盲肠内容物中,试验组巨大芽孢杆菌含量显著提高( P<0.05);3)粪便中,试验组大肠杆菌、沙门氏菌含量显著降低(P<0.05),第2、3周巨大芽孢杆菌含量显著提高(P<0.05);4)随着饲喂时间的延长,小肠内容物和粪便中沙门氏菌含量显著降低( P<0.05);小肠、盲肠内容物和粪便中巨大芽孢杆菌含量显著提高( P<0.05);5)分析同时表明,随着饲喂时间的延长,有益菌数量逐渐增加,有害菌数量逐渐减少. 综上,巨大芽孢杆菌1259能有效抑制蛋鸡肠道中的大肠杆菌等有害菌的产生,促进乳酸菌等产酸菌的繁殖....
[硕士论文] 朱鹏飞
动物遗传育种与繁殖 扬州大学 2018(学位年度)
摘要:2010年首次在小鼠上发现新型NOD样受体NLRC5基因,NLRC5是NLR家族最大的成员,大量研究表明NLRC5在固有免疫和获得性免疫中有重要的作用,但其自身的调控机制尚不明了,因此为了探究NLRC5基因启动子自身调控原理,本研究首先检测了鸡NLRC5基因在鸡不同组织中的表达特异性,利用软件预测NLRC5启动子区的CpG岛,并通过亚硫酸氢盐修饰后BSP检测DF1和HD11细胞中NLRC5启动子区的甲基化状态,利用甲基化转移酶抑制剂5-aza-cd处理细胞,比较甲基化程度与基因表达的关系,并最终通过启动子竞争结合转录因子实验、定点突变实验、凝胶迁移实验的方法来验证甲基化影响基因表达的转录因子。克隆了NLRC5起始密码子前2265bp的启动子区,构建启动子区系列缺失载体,转染DF1细胞,根据双荧光素酶实验确定不同缺失片段活性高低从而确定关键调控区域,预测分析关键调控区域内可能存在的反式作用元件,利用启动子竞争结合转录因子实验、定点突变实验、凝胶迁移实验的方法来验证顺式元件及对NLRC5启动子活性的影响。最后通过LPS和IFN-γ处理HD11细胞,RT-qPCR以及ELISA确定NF-κB激活条件,并验证鸡NLRC5基因启动子区NF-κB顺式作用元件,结果表明:
  1.RT-qPCR检测到NLRC5在鸡脾脏、肝脏等免疫相关组织的表达量显著高于心脏、肌肉等组织,并且检测NLRC5基因在鸡巨噬细胞系HD11中的表达量显著高于鸡成纤维细胞系DF-1。
  2.为探讨NLRC5启动子区的甲基化对转录水平的影响进行了一系列实验,其中MethPrimer预测发现2个CpG岛:-4060到-3428,共663bp和-3344到-3027,共318bp;BSP实验结果表明DF1处于高甲基化状态,而HD11甲基化水平较低,利用不同浓度甲基化转移酶抑制剂5-aza-cd处理两种细胞,CCK-8检测细胞存活率,定量检测相关基因的表达,发现40μmol/L终浓度5-aza-cd处理条件下,细胞DF-1存活率相比对照组差异极显著(P<0.01),并对处理细胞进行甲基化检测发现具体甲基化降低位点。并最终构建该区域缺失载体转染双荧光素酶实验、启动子结合转录因子实验、定点突变实验、凝胶迁移实验的方法确定甲基化通过E2F转录因子影响NLRC5基因的转录调控。
  3.为寻找NLRC5启动子-2265到-1区域的潜在调控元件,利用JASPAR软件分析发现NLRC5启动子-2265到-1间可能存在的转录因子结合位点,构建缺失载体进行双荧光素酶实验确定三个活性较高的区域,启动子竞争结合转录因子实验发现在-459区域存在STAT1转录因子,针对该核心区域的顺式元件STAT1的点突变和凝胶迁移实验进一步确认了该区域内存在STAT1顺式元件,其在NLRC5基因启动子活性调控过程中能够发挥重要作用。
  4.为寻找NLRC5启动子区的NF-κB转录因子结合位点。利用过表达结合缺失载体确定NF-κB可能结合区域,利用脂多糖(LPS)和干扰素γ(IFN-γ)刺激鸡巨噬细胞HD11,发现10ng/mlLPS刺激8小时和1ng/mlLPS+10ng/mlIFN-γ刺激12小时能有效激活细胞中的NF-κB,最终EMSA验证-2423和-2342存在两个NF-κB反式作用元件。
摘要:TAPBP是抗原呈递相关转运体(TAP)相关蛋白,在先天性和适应性免疫反应中均发挥着重要作用,与多种疾病的抗性或易感性相关.对25个不同品种鸡TAPBP基因序列进行目标捕获测序,利用MEGA软件对不同品种鸡序列进行比对分析,筛选不同品种鸡TAPBP基因上的SNPs及Indel位点,并根据基因序列进行系统进化树的构建.结 果表明:TAPBP基因存在较多的SNPs和Indels位点,有着丰富的遗传多样性.不同地方鸡品种相对外来鸡品种呈现出高度多态性,可能与抗病性存在密切联系.青脚麻鸡、太湖鸡、如皋草鸡等抗性较好的鸡品种在系统进化树中拥有较高的亲缘系数.此外,固始鸡、如皋草鸡、安卡鸡等品种在第8外显子上存在特异性的插入缺失,且引起氨基酸变化,可作为鸡抗性研究的候选分子标记....
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