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摘要:为了解决含有缺失形态学数据谱系树的构建问题,提出了运用属性约简构建谱系树的方法.首先,利用先验知识和较完整的部分物种数据构建初始谱系树;然后,运用属性约简原理获得属性决策组集合的决策点,进而建立先验决策模型;最后,根据先验决策模型确定缺失数据比例较高的物种在初始谱系树中的位置,通过物种嫁接完成谱系演化树的构建.实验结果表明,当单个物种缺失数据比例大于10%时,相比最大简约法在平均准确率方面平均高出10%左右....
摘要:为了解决含有缺失形态学数据谱系树的构建问题,提出了运用属性约简构建谱系树的方法。首先,利用先验知识和较完整的部分物种数据构建初始谱系树;然后,运用属性约简原理获得属性决策组集合的决策点,进而建立先验决策模型;最后,根据先验决策模型确定缺失数据比例较高的物种在初始谱系树中的位置,通过物种嫁接完成谱系演化树的构建。实验结果表明,当单个物种缺失数据比例大于10%时,相比最大简约法在平均准确率方面平均高出10%左右。...
[专利] 发明专利 CN201610810480.7
西北大学 2017-02-22
摘要:本发明公开了一种基于先验决策模型的谱系树构建方法,包括以下步骤:步骤1,采用最大简约法建立初始谱系树;步骤2,根据初始谱系树,建立先验决策模型;步骤3,通过先验决策模型,判断新物种的归属;步骤4,根据新物种的归属,更新初始谱系树。本发明相比最大简约法,缺失比例较高的物种在谱系树中位置的准确率大大提高;本发明采用将物种嫁接到初始树中,避免了对其它物种种间关系的影响。
[硕士论文] 朱锐
软件工程 西北大学 2017(学位年度)
摘要:谱系树用来表示物种之间的亲缘关系,是生命科学研究的重要内容,而形态学数据是构建古生物谱系树的重要基础。但是,古生物形态学数据常有缺失信息,造成传统谱系树构建算法失效,针对该问题本文提出了基于先验决策模型的缺失数据谱系树构建方法。具体研究内容如下:
  (1)针对含有缺失数据谱系树构建的问题,提出了基于先验决策模型的谱系树构建方法。首先,利用较完整数据的物种集构建初始谱系树;然后,运用属性约简原理得到决策点,进而建立先验决策模型;最后,根据模型确定缺失数据比例较高的物种在初始谱系树中的位置,通过物种嫁接完成谱系树的构建。实验结果表明,当单个物种缺失数据比例大于10%时,相比最大简约法在平均准确率方面高出10%左右。
  (2)决策点中属性决策组集合的生成是一个属性组合优化问题,提出了运用遗传算法的属性决策组集合构建方法。该方法结合待约简属性个数与组合类别划分,提出了特有的编码方式、相应的适应度函数和交叉变异方式。进一步提高了缺失数据物种在谱系树中嫁接位置的准确性和稳定性。实验结果表明,本方法所构建的谱系树在物种平均准确率方面相比简单启发式方法最多高出3.4%。
  (3)为了消除因多次嫁接而产生的并系子树,提出了一种基于权值拟合层次聚类的并系子树预测方法。首先利用最小二乘法对初始谱系树进行属性权值的拟合,进而对并系物种属性进行加权,最后运用有权值层次聚类的方法构建子树。实验结果表明,本方法能够对并系子树进行预测,最终消除了谱系树中的并系子树。
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