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[硕士论文] 徐芳迪
生物学 上海交通大学 2015(学位年度)
摘要:本研究对分离自西南印度洋水深2784米的沉积物样本的细菌Kangiella profundi FT102进行多相分类鉴定,并利用Illumina第二代测序平台测定了其基因组序列。
  菌株FT102为杆状革兰氏阴性细菌,无运动性和产孢性。最适生长温度为37-42℃,pH为6.5-8.5,盐浓度为1-4%。菌株 FT102与Kangiella属内成员的16S rRNA基因序列的相似性为95.5-98.6%,其基因组 DNA的G+C mol%为45.0%。FT102菌株和Kangiella aquimarina JCM12318、Kangiella koreensis JCM12317的基因组DNA-DNA杂交率分别为47.3%和13.7%。菌株FT102的全细胞脂肪酸以iso-C15:0为主,呼吸醌以Q-8为主,主要的磷酸类脂为DPG、PE、PG和PME。从表型、基因型和系统发育三个不同层次对菌株 FT102的多相分类研究证实 FT102为γ-变形菌纲海洋螺杆菌目食烷菌科Kangiella属的一个新种,命名为Kangiella profundi sp. nov.(Type strain FT102T=CGMCC1.12959T=KCTC42297T=JCM30232T)。
  通过PCR扩增和测序,对第二代测序获得的全基因组序列中的缺口进行了人工修补,获得了FT102的环状全基因组序列。其基因组大小为2,647,333bp,共编码蛋白2442个。FT102与K. koreensis JCM12317在基因组上具有良好的共线性。从基因组序列中选取5个看家基因(recA、gyrB、atpB、trpB、rpoB),利用其编码的蛋白序列构建系统发育树,结果表明 FT102与 K. koreensis JCM12317和K. aquimarina JCM12318归于一簇。
  本论文对Kangiella profundi sp. nov.的模式菌株FT102进行了多相分类鉴定,并提供了该菌株的全基因组序列信息,为深入理解具有独特系统发育地位的Kangiella属的海洋微生物的生理生态功能奠定了良好的基础。
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