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摘要:目的 lncRNAs在不同种族肝细胞癌中的表达异同目前并不明确.文中旨在分析TCGA数据库中黄色人种、白色人种和黑色人种肝细胞癌共有和特有lncRNAs差异谱并预测其功能和调控机制. 方法 通过对黄色人种、白色人种和黑色人种的HCC患者的癌和癌旁组织进行差异分析得到各自的差异的lncRNAs,并比较3个人种差异lncRNAs基因谱情况,用韦恩图找出3个人种共有的差异lncRNAs.并对筛选出的差异lncRNAs进行生存分析、ceRNA网络构建和靶基因预测并对靶基因行GO、KEGG富集分析和转录因子预测,从而预测其调控机制. 结果 3个人种共有的肝细胞癌差异lncRNAs 49个,白色人种和黑色人种重叠基因21.5%,白色人种与黄色人种、黑色人种与黄色人种差异lncRNAs重叠率仅为7.8%和5.8%.3个人种共有的LINC01224可预测到靶基因,行GO富集分析显示,其功能和DNA复制、转位、基因表达调控、表观遗传、miRNAs基因沉默及RNA转录后基因沉默等有关;KEGG分析显示,LINC01224和细胞周期调控、DNA复制相关.白色人种生存相关的的11个lncRNAs基因中未预测到靶基因.黄色人种肝细胞癌生存相关的6个lncRNAs中,AC093609.1的靶基因通过GO富集后结果显示,其功能和离子通道活性如钙通道活性、被动跨膜转运蛋白活性有关;KEGG结果显示其参与心肌病、心肌细胞肾上腺素能等信号通路的调控;AC126118.1的靶基因通过GO富集后发现,其靶基因和多种代谢功能相关;KEGG结果也显示其参与脂肪酸降解、ABC转运蛋白、氨基酸代谢等信号通路. 结论 白色人种和黑色人种lncRNAs表达谱相似性较高,而黄色人种和白色人种、黑色人种差异较大,其中3个人种共有的LINC01224可能参与了调控肿瘤生长;黄色人种特有lncRNA(AC093609.1、AC126118.1)在肿瘤代谢等方面起了重要作用,为后续肝细胞癌的基因验证实验和功能研究奠定了基础....
摘要:目的 食管鳞癌和腺癌在分组特征方面有多大的差异目前并不明确.文中旨在分析食管鳞癌、食管腺癌转录组分子特征的差异性.方法 下载TCGA数据库中食管鳞癌和腺癌转录组数据,筛选癌及癌旁组织差异表达的RNA(mRNA、lncRNA、miRNA),构建食管鳞癌和腺癌相关的竞争性内源RNA(ceRNA)网络,对重要miRNA进行靶基因预测及GO、KEGG分析,利用生存分析显示食管鳞癌和腺癌共有差异基因.结果 ceRNA网络显示:PVT1、LINC00524、miR-204、miR-383、HOXC8、NTRK2等在食管鳞癌和腺癌中均起重要调控作用.miR-204-5p经miRWalk共预测到13227个调控靶基因,在targetscan,miRDB数据库共筛选出232个靶基因.GO功能分析显示38个富集,主要参与细胞-基质粘附的调节、细胞膜投射形态发生、β-连环蛋白结合等过程.KEGG分析显示4个相关通路:Hedgehog信号通路、寿命调节通路、雌激素信号通路、松弛素信号通路.生存分析结果显示,食管鳞癌中与患者生存相关的差异lncRNA包括LINC00261、MLIP-IT1、LINC00504,差异miRNA包括hsa-mir-338,未发现与生存相关的mRNA.食管腺癌中与生存相关的差异lncRNA包括CYP1B1-AS1、HOTAIR,差异mRNA包括IL11、NTRK2、ANGPT2、PBK.食管鳞癌和腺癌共有的差异lncRNA上调占15.4%(150个),下调占26.8%(158个);miRNA上调占24.2%(22个),下调占27.6%(8个);mRNA上调占20.5%(234个),下调占23.7%(418个).结论 食管鳞癌和腺癌存在明显的分子差异,lncRNA、miRNA及mRNA有望为食管癌的治疗和预后预测提供新的靶点与分子标志物....
摘要:目的 通过数据库挖掘寻找肝癌差异长链非编码RNA并预测其调控机制.方法 从TCGA数据库中下载374例肝癌样本和50例正常样本lncRNA、miRNA、mRNA的测序数据,筛选出差异基因后构建ceRNA网络关系图,对差异基因进行生存分析.设置差异倍数(foldChange)≥2,P<0.01.结果 在差异基因中发现77个lncRNA与miRNA相关,其中6个(HTR2A-AS1、AC073352.1、AL359878.1、AP002478.1、C20rf48、MYLK-AS1)与肝癌的总生存期相关;并发现了以hsa-mir-424和hsa-mir-519d为关键节点的ceRNA调控网络.结论 通过对TCGA肝癌基因数据的分析,筛选了6个lncRNA与肝癌的生存期有关,hsa-mir-424和hsa-mir-519d是重要的ceRNA调控网络节点....
摘要:CRP是机体应激状态下主要由肝脏产生的一种急性时相蛋白.因其能与肺炎双球菌的细胞壁C黏多糖起沉淀反应而得名,它的升高可以提示多种炎症事件的发生,长久以来被应用于感染性疾病的诊断和监测[1-3].近年来随着快速、可靠、超敏感的检测方法的建立和发展,超敏CRP(hs-CRP)的临床价值得到更广泛的应用.多篇文献报道hs-CRP与心血管疾病、脑血管疾病、颅脑损伤密切相关[4-6].作者对本院67例急性脑损伤病人的ha-CRP结果进行统计分析,探讨hs-CRP在急性脑损伤发生发展过程中的临床应用价值,现将结果报道如下....
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