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摘要:REMAP是基于反转录转座子的一种分子标记技术,具有检测灵敏和多态性高的优点.本研究首次将REMAP技术应用于琼枝(Beta ph ycus gelatinae)、长心卡帕藻(Kappaphycus alvarezii)和麒麟菜(Eucheuma denticulatum)红翎菜科海藻的群体变异研究中.本研究共筛选出20对具有多态性的引物,在24株无性繁殖海藻中扩增得到500个位点,平均每对引物扩增位点数为25.研究结果表明,该标记技术在红翎菜科海藻中具有很好的适用性和通用性.红翎菜科海藻五个群体之间多态位点比例为1oo%,群体内部多态位点比例为3.8%~8.8%,同一藻株不同组织部位之间多态位点比例为18.62%~39.54%,证实了红翎菜科海藻在营养生长中广泛存着较高程度的变异,这为红翎菜科海藻种质资源创新及其良种选育提供了一种新的标记技术....
摘要:通过PCR扩增基因片段的方法测定了红翎菜科琼枝属(Beta ph ycus)、卡帕藻属(Kappaphycus)和麒麟菜属(Eucheuma)4种海藻共19株个体的核糖体基因转录间隔区(ITS)(含5.8S rDNA)和核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶/加氧酶基因大亚基(rbcL)全长基因序列.其中rbcL全长序列为首次测定,为从蛋白质水平探讨红翎菜科分子系统进化提供了可靠的保证.琼枝属、卡帕藻属、麒麟菜属ITS序列长度分别为1 024、629~669、1 001 bp,GC含量在45.6%~52%之间;rbcL序列长度均为1 467 bp,GC含量在37.1%~37.6%之间.结合GenBank中现有的红翎菜科海藻ITS和rbcL序列进行系统进化分析,2个片段聚类结果均明显的将所有样品分为琼枝属、卡帕藻属和麒麟菜属3大分支,表现出明显的属间差异.本研究的11株长心卡帕藻根据ITS序列差异分成明显2种类型,推测这2种类型长心卡帕藻的ITS序列差异与其地理环境、无性繁殖时间(代数)和藻体颜色无关....
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北大核心 CSTPCD CSCD CBST
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摘要:本文研究了南黄海浒苔(Ulva prolifera)定生(编号:201106098)和漂浮(编号:Q1)2个群体各3株个体内rbcL序列和ITS序列的特征,发现同一株藻体内的rbcL序列均出现了基因型的差异.在201106098和Q1这2个群体的rbcL序列中,其个体内变异位点数量范围分别为2~46和3~37,个体间的变异位点数量分别为52和46,两群体间变异位点数量为66;ITS序列特征也存在相同的情况,这说明浒苔质体DNA并非是由母系遗传的,而是具有与核基因组遗传相同的双亲遗传模式;MP和ML系统发育进化分析结果显示,其质体DNA的遗传来源较为复杂,有可能源于浒苔绿潮发生中不同群体之间的配子融合生殖....
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北大核心 CSTPCD CSCD CBST
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摘要:采用PCR扩增的方法获得了第一个松藻目物种长松藻(Codium cylindricum)的ITS序列,长松藻ITS全长515bp,其中ITS1的长度为74bp,5.8S序列长163bp,ITS2的长度为278bp.与已知的绿藻门其它5个目8个属物种的ITS序列的系统发育分析结果表明,绿藻门物种分为三大支,其中团藻目藻类为一支,松藻目和刚毛藻目藻类为一支,石莼目、顶管藻目和丝藻目藻类构成一大支;长松藻与刚毛藻目的刚毛藻属和硬毛藻属物种同为多核藻体,在系统发生上表现出更近的亲缘关系;不同绿藻目海藻的聚类关系表明,其能够准确地反映出其在单核与多核、单细胞与多细胞等生物结构特性方面的差异与水平....
摘要:红翎菜科海藻藻体形态结构多样,部分个体在长期进化过程中发生了形态特征的变异,其分类学一直是研究的热点和难点.本研究选取了23S ribosomal RNA gene(UPA)、cox2-3和rbc spacer 3个片段运用PCR扩增的方法研究了红翎菜科4种海藻的序列结构特征,结果表明琼枝、卡帕藻属2种海藻和麒麟菜的UPA长度均为326bp,GC含量46.0%~46.3%;cox2-3序列长度分别为141、139和141 bp,GC含量19.3%~23.7%;rbc spacer序列长度分别为93、93和94 bp,GC含量22.3%~23.7%.利用PAUP软件分别用邻接法(NJ)、最大似然法(ML)和最大简约法(MP)对红翎菜科海藻进行系统发育分析,结果表明3个属海藻均可以通过UPA、cox2-3和rbc spacer 3个片段得到有效的区分,并且这3个片段也均可进一步将卡帕藻属2个种区分开来.本文在分析基因片段的基础上,比较了3个属不同物种间的信息位点,为分子系统学研究提供了一定的数据支持....
摘要:@@麒麟菜族系红藻门,真红藻纲,红翎菜科,是一种经济价值很高的大型海藻。在我国,主要分布在海南岛、西沙群岛、台湾岛等地。麒麟菜族海藻含有大量的卡拉胶,单多糖等胶类物质,是提取卡拉胶的重要原料。其广泛应用在医药、食品、纺织、建筑、化工等领域,具有很高的经济价值。
[硕士论文] 孙琰
遗传学 中国海洋大学 2012(学位年度)
摘要:麒麟菜属(Eucheuma)、卡帕藻属(Kappaphycus)和琼枝属(Betaphycus)在分类学上属于红藻门(Rhodophyta),真红藻纲(Florideophyceae),杉藻目(Gigartinales),红翎菜科(Solieriaceae)。是主要的产卡拉胶的经济红藻,分布热带.亚热带海域。在我国,主要分布在海南岛、西沙和南沙群岛以及台湾岛等地。同时,印度尼西亚、菲律宾、马来西亚等地也是此类海藻的高产国。
   目前,分子生物学工具的开发与运用对于探讨生物系统进化关系以及辅助分类具有重要的应用价值。红藻门海藻的DNA序列分子系统学研究主要集中在核糖体18S与28S的非编码转录间隔区(ITS),23S ribosomal RNA gene(UPA)(通用扩增片段),线粒体的coxⅠ(细胞色素C氧化酶亚基1),cox2-3片段,以及叶绿体rbcL,基因(1,5-二磷酸核酮羧化酶/氧化酶大亚基)以及与其rbcS(核基因)基因之间的片段rbc spacer等。本研究以UPA、cox2-3、rbc spacer、ITS和rbcL五种基因序列研究了琼枝Betaphycus gelatinae、长心卡帕藻Kappaphycusalvarezii、卡帕藻属未知种Kappaphycus sp.和麒麟菜Eucheuma denticulatum4种海藻的序列结构特征;琼枝属、卡帕藻属、麒麟菜属UPA片段序列长度均为326bp,GC含量在46.0%-46.3%之间;cox2-3序列长度分别为141bp、139bp、141bp,GC含量在19.3%-23.7%之间;rbc spacer序列长度分别为93bp、93bp、94bp,GC含量在22.3%-23.7%之间;ITS序列长度分别为1024bp、629bp-669bp、1001bp,GC含量在45.2%-52%之间;rbcL序列长度均为1467bp,GC含量在37.1%-37.6%之间。利用PAUP4.0软件,对红翎菜科海藻进行系统发育分析,用邻接法(NJ)、最大似然法(ML)和最大简约法(MP)建立系统发育树,聚类结果均支持所有样品分为琼枝属、麒麟菜属和卡帕藻属三个属,不同属海藻聚类在不同的分支,同种属海藻优先聚类在一起。此外,本文在分析基因序列的基础上,挖掘了种属间特有的信息位点,UPA基因的属间信息位点共13个,种间信息位点共1个;cox2-3基因片段分别为59个和3个;rbc spacer基因片段分别为16个和1个;ITS基因片段的5.8S序列属间信息位点共5个;rbcL基因的属间信息位点为161个,种间信息位点为9个。以上结果填补了GenBank数据库中琼枝数据的空白,同时为数据库增添了新的研究数据,为日后的研究提供了可靠依据。
   转座现象是引起物种无性繁殖系表观遗传变异的一个重要的机制。反转录转座子在真核生物中以很高的数量广泛的分布着。反转录转座子微卫星扩增多态性(retrotransposon-microsatellite amplifled polymorphism,REMAP)是一种操作简单、多态性丰富、检测效率高的分子标记技术。本研究首次对琼枝属、卡帕藻属和麒麟菜属的共4种海藻开展了REMAP标记研究,共筛选了20对引物,对5个不同群体共24份样品进行分析。研究显示,REMAP分子标记技术对5个群体的所有个体均有较好的扩增效果,共扩增出500个位点,且均为多态性位点。五个种群的遗传距离在0.4861-0.7497之间。运用Arlequin软件分析显示支持群体变异的群体内和群体间的贡献率分别为7.38%和92.62%,群体间的遗传差异明显高于群体内部,表现出极高的种群分辨率。UPGMA聚类分析结果显示,REMAP标记能够明显地将5个群体分开,来自同一群体的样品均聚在一起,具有较高的群体间特异性,主要来源于其群体连续的无性繁殖栽培过程;进一步对3株长心卡帕藻4个不同组织部位的REMAP标记多态性,结果表明,不同组织部位间有效多态位点比例平均为26.65%,进一步证实无性繁殖(营养生长)中存在着变异,且其可能与逆转录转座子的活动有关。
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