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[硕士论文] 冯雪皎
生态学 河北师范大学 2016(学位年度)
摘要:长角血蜱(Haemaphysalis longicornis)是我国常见种类,分布广泛,携带多种病原体,严重危害人类健康和畜牧业的发展。因此研究我国不同地理种群长角血蜱遗传多样性,有利于了解长角血蜱在我国的生存状况和发展趋势,从而对长角血蜱更有效的进行防控。本研究使用COI基因、16S rRNA基因和ITS2基因对采自河北小五台山地区、贵州茂兰地区、甘肃兰州地区和湖北武汉地区的长角血蜱种群进行了种群遗传多样性分析,结果如下:
  本研究共获得93条COI序列,片段为802bp。其中变异位点79个,序列未出现插入和缺失,A+T含量大于G+C含量,具有AT偏倚性。转换高于颠换,转换比颠换值为4.256。获得75条16S rRNA序列,片段为406碱基,变异位点为17个。序列中出现了缺失位点,A+T含量高于G+C含量,具有AT偏倚性。转换大于颠换,转换比颠换值为4.711。获得79条ITS2序列长为671碱基,变异位点32个,序列存在插入和缺失,其中G+C碱基所占比值高于A+T。转换高于颠换,转换比颠换值为3.756。长角血蜱的COI基因单倍型48个,其中共享单倍型两个占单倍型比例为21.5%。单倍型多样性为0.958,核苷酸多样性为0.00847。小五台山地区单倍型多样性最高。16S rRNA基因检测出单倍型12个,其中共享单倍型一个占单倍型的比例为81.3%。单倍型多样性为0.33838,核苷酸多样性为0.00112。武汉地区单倍型多样性最高。ITS2基因单倍型26个,共享单倍型两个占单倍型比例为68.4%。单倍型多样性为0.76371,核苷酸多样性为0.000327。兰州地区单倍型多样性最高。三个基因片段共享单倍型较少独享单倍型较多有着丰富的单倍性多样性,说明长角血蜱适应能力较强。使用COI基因、16S rRNA基因和ITS2基因对长角血蜱四个地理种群进行了FST值分析。其中COI基因四个地区之间的FST值均小于0.25,说明种群之间出现了一定的遗传分化,武汉地区和小五台山地区分化程度最高。16S rRNA基因四个地区之间的FST值均小于0.25,说明种群之间出现了一定的遗传分化,茂兰地区和小五台山地区分化程度最高。ITS2基因的部分FST值大于0.25,遗传差异较大是由于ITS2进化速率较快导致的结果,武汉地区和茂兰地区分化程度最高。对长角血蜱的3个基因进行了分子差异(AMOVA)分析,三个基因的变异均来自种群内部而非种群间。使用COI、16S rRNA和ITS2基因构建单倍型网络图和贝叶斯系统发育树。三个基因的单倍型网络图中单倍型和地理单元之间没有明显的对应关系,不同地理种群的单倍型相互混杂分布,未形成明显的地理格局。通过对三个基因的单倍型分别构建系统发育树,拓扑结构显示所有长角血蜱单倍型聚集形成一个分支,但未按对应的地理单元进行聚类,相互混杂,没有明显的地理分化结构使用COI基因、16S rRNA基因和ITS2基因对四个种群联合进行中性检验和错配分析。中性检验中COI基因Tajima's D值不显著,16S rRNA基因和ITS2基因Fu's FS值不显著说明种群未出现近期的扩张。COI基因错配分析图为双峰说明种群未出现种群扩张,但16S rRNA和ITS2基因错配分析图为单峰表明种群近期经历过种群扩张。这与中性检验结果不一致,可能由于其分析数据量不足造成的结果。
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