機構信息系統是在《中國企業、公司及產品數據庫》的基礎上擴展的數據庫系統，收錄了20多萬家企業機構、科研機構、信息機構和教育機構的詳盡信息，分別針對各類機構的特點進行分類導航，并整合了各類機構的科研產出（包括發表論文、承擔科技成果、申請專利、起草標準）和媒體報導情況，對獲取、了解與分析相關機構的社會信用、科研能力、經營狀況、發展方向等情況，可以起到重要的作用。

機構信息系統會不定期更新，為信息分析人員及時提供全面準確的最新信息、知識、情報，以便于評估機構的研發能力，把握行業結構。該系統由《中國企業、公司及產品數據庫》，《中國科研機構數據庫》，《中國科技信息機構數據庫》，《中國中高等教育機構數據庫》四個數據庫組成。

《中國企業、公司及產品數據庫》(簡稱CECDB)，始建于1988年，由萬方數據聯合國內近百家信息機構共同開發。歷經十幾年的不斷的更新和擴充，現收錄有50余個主要行業的超過18萬家企業的詳盡信息及科技研發信息，是國內外工商界了解中國企業市場的一條捷徑。目前，CECDB的用戶已經遍及全球50多個國家與地區。

《中國科研機構數據庫》（簡稱CSI），始建于1990年，收錄了國內1萬多家科研機構的詳細信息，其中包括作為國家科技創新體系建設重要組成部分的國家重點實驗室、國家工程技術研究中心的科研成果、專利及進展中的課題等信息。是目前國內收集數量最多、數據內容最豐富的數據庫。

《中國科技信息機構數據庫》(簡稱CSTII)，是一個全面介紹我國各科技信息機構和高校圖書情況單位業務狀況的數據庫，是各圖書、信息單位之間溝通業務往來和促進業務合作所必備的檢索查詢媒體，也是我國各級科委和科技信息主管部門掌握與了解我國科技信息事業全貌的有效工具。

《中國中高等教育機構數據庫》，全面收集國家公布的有招生資格的高校信息，并輔以部分中等專業學校。內容包括了學校的專業設置、重點學科、研究機構、通訊方式等，客觀反映了各高校的人才培養和學術研究情況，是學生擇校和了解高校現狀的重要參考工具。